知黑守白 发表于 2023-12-21 14:16 谢谢回复，安装完amber18才发现GPU加速版的与我的显卡不兼容…… |
boinboinxu 发表于 2023-12-8 16:48 amber吗，建议去白嫖新版的，现在安装都很简单，只需要改cmake文件就行了  |
知黑守白 发表于 2020-8-31 14:53 请问你是怎么安装的呀？可否出个教程？ |
| 小白请教，这个节点计费是怎么回事，看的云里雾里 |
ChaosChiao 发表于 2020-2-6 20:02 测试的话建议用Bussi-Parrinello热浴，用Berendsen热浴的结果确实没什么参考价值 |
知黑守白 发表于 2020-8-31 14:53 最好不要用root安装 |
bobosiji 发表于 2020-8-31 17:46 超算不允许这样 |
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“除非是我这种超算资源，一个节点4个卡，独占式计费，单卡价格=4卡价格……” 应该有办法一个节点同时跑4个任务，一个任务用不同显卡的吧？ 真不成申请到节点后，直接ssh上计算节点同时跑多个任务，一个任务指定不同显卡（这个gmx应该可以）？ |
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请教楼主！！！您是如何安装成功调用两块显卡的呀？！！！ 我新装了cent os7.8系统，在此基础上安装好了amber18的串行版，并行版，GPU版本和GPU并行版本，对应的运行指令为pmemd.mpi、pmemd.cuda 、pmemd.cuda.mpi 串行版，单cuda版运行无任何问题 运行并行版pmemd.mpi的时候报错，但是前面加上mpirun -np 8 -allow-run-as-root 之后，八核的并行任务就可以跑起来了 本来我以为相应地对pmemd.cuda.mpi再额外加上类似 -gpu 2（我使用了两块GPU）就可以实现GPU同时运算了，但是还是报了和之前一样的错误 能否请您指点一下，该如何添加指令才能使pmemd.cuda.mpi成功运行啊 cuda版本为10.2 openmpi版本为 1.8.8 感谢！！！！！ ps：我试了mpirun -np 2 --allow-run-as-root pmemd.cuda.MPI 还是报错，无法调用两块GPU运算 |
heroooo 发表于 2020-2-9 01:34 我用的centos。ambertools18支持CUDA9，19可以支持CUDA10。同时用多个卡需要安装pmemd.cuda.MPI，参照手册的安装说明一步步来就行。 个人电脑用4个卡还是悠着点，4个卡得2000W电源吧，你的电源跟散热扛得住吗？ |
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本帖最后由 heroooo 于 2020-2-9 01:39 编辑 请问楼主，现在有个4U的机子，有2张rtx2080ti，请问怎么安装amber18呢？ 可以用ubuntu18.04 系统吗，需要用cuda10吗，以前安装过amber18，好像提示只支持cuda9。能否推荐一下楼主用的配置。 1、用什么系统 2、CUDA版本 3、怎么同时用两个显卡呢。或者增加新的4U机箱，怎么同时用4个rtx2080ti呢 谢谢！ |
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tesla V100比RTX2080ti快这么多？不应该啊…… 不过这是好事啊，对得起它的价格，虽然我用不起 |
abdoman 发表于 2020-2-6 19:50 官网的热浴用的跟我的不一样，官网那个热浴太非主流。 |
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这个与官网的benchmark差距有点大哦 Cellulose 体系，408,609 atoms，NPT， 用v100， 1x 都83.9. "In order to get the best performance out of V100 and Titan V, we used a special compilation with -volta when configuring the Amber installation. " http://ambermd.org/GPUPerformance.php 多gpu 的时候，有没有NVLINK ？ 看官网多GPU的并行都很少，推荐的是单任务单GPU。 多GPU的话，不知道是不是得上NVLINK。 |
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