caoyx0612 发表于 2025-4-24 09:22
卢老师，根据您的建议，我在配置G16时完全按照《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》来安装：
安装 ...

和文中说的“运行时提示Error: illegal instruction , illegal opcode”情况一样处理

sobereva 发表于 2025-4-23 15:09
由gau.out可见Gaussian完全没开始计算，8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussia ...

卢老师，根据您的建议，我在配置G16时完全按照《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》来安装：
安装版本为G16-A03-AVX2.tbz
cpu配置如下：

flags显示是支持avx2的
在手动运行时显示如下错误。
Error: illegal instruction, illegal opcode
   rax 00000000014bd760, rbx 00007ffe0437bfb0, rcx 00007ffe0437bfb0
   rdx 00007ffe0437bf80, rsp 00007ffe0437bed8, rbp 00007ffe0437bee0
   rsi 00007ffe0437bf88, rdi 00007ffe0437bf18, r8  0000000000000080
   r9  00000000014a3d00, r10 0000000000000032, r11 0000000000000035
   r12 0000000002cf5ad0, r13 0000144f18f47250, r14 0000144f18f10778
   r15 0000144f18f05b98
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520) [0x145e0dc0d520]
  /root/autodl-tmp/g16/l101.exe() [0x14bd80a]
Aborted (core dumped)

sobereva 发表于 2025-4-23 15:09
由gau.out可见Gaussian完全没开始计算，8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussia ...

谢谢老师

caoyx0612 发表于 2025-4-23 13:52
在重复《第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能》时：[ ...

由gau.out可见Gaussian完全没开始计算，8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussian成功运行gau.gjf，再说molclus调用的事

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-23 14:56
在提交计算前请先检查化学合理性，不能默认从某些数据库下载的结构文件可以直接用。这个gjf文件里的分子 ...

明白了，感谢您的解答。我是初学者，按照教程复现案例。因为用的高斯版本是新版的，原来的案例参数可能要修改，但是我对这些参数还不会调整，只能慢慢学习了

caoyx0612 发表于 2025-4-23 13:52
在重复《第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能》时：[ ...

在提交计算前请先检查化学合理性，不能默认从某些数据库下载的结构文件可以直接用。这个gjf文件里的分子缺失氢原子且存在O9-O35的异常接触、O14-C38-C39-C40的诡异直线等等，是从哪来的、叫什么名？

在重复《第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能》时：
完全按照说明设置，出现以下错误：
Error: This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file
Press ENTER button to exit program
使用的版本是G16

已上传运行附件

wilely 发表于 2024-12-17 18:44
用isostat时出现错误，我复合物的原子数目598个，1000个结构，是什么原因？

解决了

用isostat时出现错误，我复合物的原子数目598个，1000个结构，是什么原因？

hujj29 发表于 2024-12-2 22:52
请教sob老师，寻找最低能量的过渡态构象有什么有效、常用的方法或流程吗

同一个问题别在两处问
http://bbs.keinsci.com/thread-50180-1-1.html我已经回答了

sobereva 发表于 2024-12-2 21:57
此时没法这么用，只能一个个优化

请教sob老师，寻找最低能量的过渡态构象有什么有效、常用的方法或流程吗

hujj29 发表于 2024-12-2 17:56
老师您好，我的目的是搜寻能量最低的过渡态构象。现用gaussian找到初始过渡态结构后，通过gentor旋转单键生 ...

此时没法这么用，只能一个个优化

老师您好，我的目的是搜寻能量最低的过渡态构象。现用gaussian找到初始过渡态结构后，通过gentor旋转单键生成了上千个可能的过渡态构象，想通过CREST对生成的traj.xyz文件进行过渡态结构优化，请问在Linux下启动CREST进行过渡态优化，文中所述的关键词“-mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint”应如何修改

wilely 发表于 2024-11-28 16:22
运行时可以设置温度吗？我设置temp=450，gfn1优化结构 但是温度没起作用，是不是动力学才能定义温度，其他 ...

谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html）

运行时可以设置温度吗？我设置temp=450，gfn1优化结构 但是温度没起作用，是不是动力学才能定义温度，其他都是默认常温来算。