八月的雨季 发表于 2020-2-8 17:34
如果同样想得到能量最低构象，可否直接用主流的MD软件（Amber/Gromacs）在300k，TIP3P水模型下面，跑一段长 ...

您好。请问您用Amber/Gromacs然后接入DFT优化成功了吗？您做的是多肽结构吗？

sobereva 发表于 2025-11-8 12:40
有这些足够了
记得对动力学模拟过程做确切说明，以体现做法得当、采样充分

感谢sob老师的解答！

ginlpein 发表于 2025-11-8 03:12
sob老师好，在您这学习到很多，由于我主要做实验，关于构象搜索结果展示的规范我想向您请教一下。我的文章 ...

有这些足够了
记得对动力学模拟过程做确切说明，以体现做法得当、采样充分

sob老师好，在您这学习到很多，由于我主要做实验，关于构象搜索结果展示的规范我想向您请教一下。我的文章遇到一位风格十分严谨的理论方面的审稿人，审稿人点名要求做分子动力学采样的构象搜索。由于我的体系是孤立有机分子，所以就采用您贴中的方法molclus+xtb做了全套构象搜索。由于之前遇到专门理论研究的审稿人比较少，没碰到过专门点名构象搜索的情况，不知道如何展示结果可以比较获得认可。我准备展示1. 能量较低各构象的结构图；2. 能量较低几个构象的叠加图； 3. 能量较低几个构象之间的RMSD；4. 能量较低几个构象之间的在高精度计算下的能量差，请问这样展示构象搜索结果是否充分？在专职理论研究的专家眼中是否还需要补充其他计算信息才能让这部分回复看上去比较完善？

895098540wkw 发表于 2025-10-9 23:11
老师，我在您说的用crest技巧里设定uhf为2就报错是什么原因呀？未设置uhf能跑。

Command line input:

uhf该设几完全取决于体系alpha减beta电子数是几，该是多少就设多少
如果你确认设得无误，就直接让molclus调用xtb批量优化甭用这东西

老师，我在您说的用crest技巧里设定uhf为2就报错是什么原因呀？未设置uhf能跑。

Command line input:
$ crest xtbopt.xyz --gfn2 --chrg 0 --uhf 2
  --gfn2               : Use of GFN2-xTB requested.
  --chrg 0
  --uhf 2
  --ewin 10
  --mdlen 5 (MD length in ps)

> Setting up backup calculator ... done.
...
...
Generating MTD length from a flexibility measure
------------------------------------------------
Calculating GFN0-xTB WBOs   ... done.
Calculating NCI flexibility ...forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image              PC                Routine            Line        Source            
crest              0000000000BE995B  Unknown               Unknown  Unknown
crest              0000000000BE8F8B  Unknown               Unknown  Unknown
crest              0000000000B74DA2  gfnff_setup_mod_m         227  gfnff_setup.f90
crest              0000000000B74338  gfnff_setup_mod_m          78  gfnff_setup.f90
crest              0000000000B4AE93  gfnff_interface_m         220  gfnff_interface.f90
crest              00000000004EB356  gfnff_api_mp_gfnf          67  gfnff_api.F90
crest              00000000007C3B4B  nciflexi_gfnff_           252  flexi.F90
crest              00000000007EE58E  nciflexi_                 254  legacy_wrappers.f90
crest              000000000074D6C3  md_length_setup_           67  choose_settings.f90
crest              000000000057BEC2  crest_search_imtd          77  search_conformers.f90
crest              00000000008AC04B  MAIN__                    237  crest_main.f90
crest              000000000040A1FD  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00001536B52295D0  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00001536B5229680  __libc_start_main     Unknown  Unknown
crest              000000000040A115  Unknown               Unknown  Unknown

Keys 发表于 2025-9-24 16:09
老师好，我在第四步对一个190原子的体系做优化+震动分析时，在B3LYP/6-31G*级别下计算耗时实在是过长，平均 ...

怎么办取决于你的计算资源，没法给出唯一的答案
如果机子很差，比如就一个普通的个人电脑，这么大体系的opt freq只能用半经验级别的方法，文章能不能发得出去看运气

老师好，我在第四步对一个190原子的体系做优化+震动分析时，在B3LYP/6-31G*级别下计算耗时实在是过长，平均一个构象要优化+震动分析要做一天半到两天半，还没有考虑算高精单点能的时间。
虽然B3LYP/6-31G*已经确实是非常低的计算级别了，无奈体系较大。请问降低计算级别的话，降低到什么程度比较合适？

Henge 发表于 2025-9-22 12:00
谢谢卢老师。我重新对另一个分子分别做了crest和molclus调用xtb的批量优化，同样是两次优化，第一次用GFN ...

是
1 GFN0-xTB相当很糙，非要在GFN2-xTB前加个“初筛的初筛”的话，我更建议用GFN-FF
2 否。GFN2-xTB优化的比GFN0-xTB优化的可能有显著改进、是明显更好的DFT优化任务的初猜

sobereva 发表于 2025-9-21 21:46
从原理上弄清楚为什么只得到了1、2个构象，通过结构特征判断，是本来构象空间就非常小，因此不同初猜结构 ...

谢谢卢老师。我重新对另一个分子分别做了crest和molclus调用xtb的批量优化，同样是两次优化，第一次用GFN0-xTB，第二次用GFN2-xTB结合溶剂模型。crest分别给出了17个（第一次）和4个（第二次）构象的优化结果，molclus分别给出了15个和5个。
1、从结果看是不是可以判断这个分子的构象空间就属于非常小的一类？
2、回看分子结构，相较于您例子中的瑞德西韦，我的体系相对刚性，是不是可以认为在GFN0-xTB下的优化已经足够了，接下来再用gaussian等程序进一步做几何优化等计算？

Henge 发表于 2025-9-21 17:46
各位老师好，我用这套方法对几个有机小分子进行构象搜索，按照同样的xtb做动力学模拟的方法，得到2000帧的 ...

从原理上弄清楚为什么只得到了1、2个构象，通过结构特征判断，是本来构象空间就非常小，因此不同初猜结构都会收敛到同一个结构，还是其它什么原因
也可以直接用molclus调用xtb做批量优化进行检验

各位老师好，我用这套方法对几个有机小分子进行构象搜索，按照同样的xtb做动力学模拟的方法，得到2000帧的轨迹。然后用crest对结构进行批量优化，结果得到非常少的构象，都是只有1到2个，因此有以下问题请教：
1、用crest程序批量优化时，使用了两次crest，分别使用的参数如下，请问是否需要做两次优化？
crest -mdopt *.xyz -chrg 0 -uhf 0 -gfn 0 -opt normal |tee info_crest1.txt
isostat crest_ensemble.xyz -Edis 0.5 -Gdis 0.5 > ./summary_crest1.txt

crest -mdopt cluster1_*.xyz -chrg 0 -uhf 0 -gfn 2 -g methanol -opt normal -niceprint |tee info_crest2.txt
isostat crest_ensemble.xyz -Edis 0.5 -Gdis 0.5 > ./summary_crest2.txt

2、得到的1个或2个构象是否能在gaussian上继续做优化和振动能分析，单点能以及ECD/NMR的计算？
3、用仅有的2个构象计算得到的Boltzmann分布比例是否合理？（尝试计算过，通常都是1个占比99%）

sobereva 发表于 2025-8-20 01:09
应该给gjf里设置优化步数上限，比如80-120，要不然震荡不收敛的话会一直傻算着白浪费时间。并且注意下面 ...

明白了，谢谢卢老师!

谢却人间事 发表于 2025-8-19 10:07
明白了，谢谢卢老师，我会加上介电常数接近的溶剂进行计算的。
由于我的molclus调用界面没能截图保存就 ...

应该给gjf里设置优化步数上限，比如80-120，要不然震荡不收敛的话会一直傻算着白浪费时间。并且注意下面贴子里说的template2.gjf的用法，可以用于当template.gjf由于震荡导致难收敛、达到预设的步数上限时，切换到帮助收敛的关键词上
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

sobereva 发表于 2025-8-19 07:29
1 找一个介电常数与你实际用的溶剂接近的，也比完全不考虑溶剂效应强

2 Molclus调用量子化学程序批量 ...

明白了，谢谢卢老师，我会加上介电常数接近的溶剂进行计算的。
由于我的molclus调用界面没能截图保存就被关掉了，之后遇到问题一定会及时截图保存，只能从gaussian进行优化和振动分析任务后的out文件中的
Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep=  373
    -- Flag reset to prevent archiving.
和Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in d:\study\G09W\l9999.exe at Wed Aug 06 18:33:37 2025.
判断是几何收敛失败，guassview里看出震荡。因为之前遇到震荡我都及时手动停止了任务，还没有让程序一直算超然后自动停止的经历。因为我在输出文件里没有设置步数上限，我觉得这个默认的373这个上限有点太高了，所以想再请教一下您，我能否在输入文件里这样写：opt=（calcfc，maxcyc=N）或者opt=（recalc=n，maxcyc=N）在使用更好的Hessian矩阵的同时限制一下步数上限。