我看了下其参数文件，除了param_gfn0-xtb.txt，param_gfn1-xtb.txt，param_gfn2-xtb.txt，还有param_gfn1-si-xtb.txt， param_ipea-xtb.txt参数文件，有什么差别？

XTB现在有了一个做复合物的新功能（Docking Submodule ），这个填补了介于团族与单个分子之间的中等复合物的优化，里面有很多参数像--nostack，--pocket， --nstack INT，不知道怎么设置？卢老师有兴趣测试下其效果如何。

sobereva 发表于 2024-5-13 22:21
用更低温度，或者加上球形限制势避免跑飞

本来阴离子就理应倾向于与阳离子呆在一起，库伦吸引作用那么 ...

好的，谢谢卢老师

梵墨 发表于 2024-5-13 16:17
有一个小问题请教一下哈：我用genmer构建了包含有12个小分子的团簇，然后用xtb进行动力学模拟（温度400K， ...

用更低温度，或者加上球形限制势避免跑飞

本来阴离子就理应倾向于与阳离子呆在一起，库伦吸引作用那么强。

有一个小问题请教一下哈：我用genmer构建了包含有12个小分子的团簇，然后用xtb进行动力学模拟（温度400K，时间100ps），发现跑着跑着体系就散掉了，另外阴离子很容易与阳离子结合在一起，掉到势井中，正常情况下，阴阳离子应该是解离的

wilely 发表于 2024-4-18 11:54
有一个客体带正电荷，一个客体中性，与环糊精同时结合时，怎么设置没看到有说明？像我这种体系，DFT法优 ...

稍有量化常识的人都知道，设的是整体的净电荷
提问Gaussian相关问题最忌讳问lxxx，必须始终直接说文字报错
强烈建议系统学学Gaussian的使用基础：北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）。没有量化常识会有很多奇怪的观念、碰到最基本出错都不知道怎么解决。

用autodock对接完全不适合。这种体系初始结构的产生该用的是genmer
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

sobereva 发表于 2024-4-16 01:11
可以尝试

净电荷根据实际情况设。如果都是中性客体分子，整体净电荷为0，不需要刻意设定，默认就是0

有一个客体带正电荷，一个客体中性，与环糊精同时结合时，怎么设置没看到有说明？像我这种体系，DFT法优化好单个分子后，先优化出一个客体与环糊精的复合物，再用PM6D3方法优化第二个客体与前面复合物的包合，但由于原子数目300多，总是出现L103错误；另外用Autodock（vina）做分子对接出初始结构，然后Gromacs跑单个分子的动力学，可行吗？

wilely 发表于 2024-4-15 20:29
我用这个方法做一个环糊精与两个客体分子的包合物，开始构型我把两个客体放在环糊精空腔的两边任意一定距离 ...

可以尝试

净电荷根据实际情况设。如果都是中性客体分子，整体净电荷为0，不需要刻意设定，默认就是0

我用这个方法做一个环糊精与两个客体分子的包合物，开始构型我把两个客体放在环糊精空腔的两边任意一定距离，电荷要设置吗，这么做可以把？

Caroline2022 发表于 2024-3-26 19:36
老师，请问如何在Shermo的控制语句中做修改，使得Shermo的计算热力学量结果的文件可以保存下来。类似于ibko ...

没有这种语句
把振动分析的输出文件都保留下来，利用shell脚本让Shermo批量算一下也就是一瞬间的事

老师，请问如何在Shermo的控制语句中做修改，使得Shermo的计算热力学量结果的文件可以保存下来。类似于ibkout=1这样的语句。

shuiningzhu 发表于 2024-3-26 14:53
老师你好，在第二步中：
0.5  //能量去重阈值(kcal/mol)
0.5  //结构去重阈值(埃)

凭经验
没特殊情况用默认的就行。几何优化收敛不十分精确的情况可以适当放宽

老师你好，在第二步中：
0.5  //能量去重阈值(kcal/mol)
0.5  //结构去重阈值(埃)

这两个阈值是如何选取的？

Caroline2022 发表于 2024-3-25 15:15
是的，老师，我在270楼里向您咨询了我写的控制Shermo的语句：
--- Below for Shermo ---
  Shermo_path ...

对

sobereva 发表于 2024-3-25 11:55
不可能不一样，要么是你看错地方了，要么是额外调用Shermo算的自由能热校正量

是的，老师，我在270楼里向您咨询了我写的控制Shermo的语句：
--- Below for Shermo ---
  Shermo_path= "/sob/Shermo_2.3.5/Shermo"  // Command for invoking Shermo
  T= 298.15
  P= 1.0
  sclZPE= 0.9806
  ilowfreq= 2
那么，isomers.xyz文件中的Gcorr数值就是Shermo在298.15 K，频率校正因子为0.9806（对应B3LYP/6-31G*）条件下计算的自由能数值，不知道我这样理解对不对？