请问楼主问题解决了吗？我计算十六烷基硫酸钠也是遇到这样的问题，是力场的原因吗？

realjun.zhou 发表于 2020-2-24 11:11
我就是参照这个帖子计算的电荷，这个RESP2电荷能适用于OPLS力场么？

虽然不能说不能用，但OPLS-AA有专门适合的1.2*CM5电荷，兼容性已经被验证过，因此更推荐用这个。自行用Multiwfn算出来CM5电荷手动乘上1.2即可。

sobereva 发表于 2020-2-21 16:50
我不知道你的RESP电荷具体是什么级别算的。如果之前是水模型下DFT算的，试试此文的RESP2：
RESP2原子电荷 ...

我就是参照这个帖子计算的电荷，这个RESP2电荷能适用于OPLS力场么？

ulosggs 发表于 2020-2-21 19:31
还有这篇，这里面给了GAFF适用的参数

Developing and Validating a Set of All-Atom Potential Models f ...

我的OPLS 力场参数就是参考的这个，这个论文里Gaff力场参数和Acpype直接生成的基本一样，只是个别参数他提出了优化， 我原封不动的再试试。谢谢

还有这篇，这里面给了GAFF适用的参数

Developing and Validating a Set of All-Atom Potential Models for Sodium Dodecyl Sulfate
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.7b00181

力场参数对SDS聚集结构影响非常大。头基电荷不好，碳链二面角参数太硬都会导致这种液晶样的结构。

Molecular Dynamics Simulations of Sodium Dodecyl Sulfate Micelles in Water—The Effect of the Force Field
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp410689m

我不知道你的RESP电荷具体是什么级别算的。如果之前是水模型下DFT算的，试试此文的RESP2：
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

如果RESP2也不行，在RESP2电荷下以OPLS的结构作为初始结构跑跑看。如果能维持住，也许是之前的某些巧合问题；如果还维持不住，可能是GAFF的LJ参数就不甚合理（但理应不会如此）。