计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › gmx突然报错cudaFuncGetAttributes failed: out of memo ...

gmx突然报错cudaFuncGetAttributes failed: out of memory

查看数: 11105 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

wzhang

发布时间: 2020-2-20 10:36

正文摘要:

大家好，我在GPU版本GROMACS上跑程序一直没有问题，今天重新运行一个程序之后，突然报错如下： Command line: gmx mdrun -deffnm pull -ntmpi 1 -nb gpu -pme gpu -gpu_id 3 Back Off! I just ...

回复 Reply

wzhang 发表于 Post on 2020-2-23 14:10:09

本帖最后由 wzhang 于 2020-2-24 10:52 编辑

tomwong4253 发表于 2020-2-22 20:34
利用CUDA_VISIABLE_DEVICE环境变量或者-gpu_id参数指定某个个GPU再跑试试，有可能你的作业被扔到只剩一点 ...

哇，终于可以跑了（虽然没有彻底解决），太感谢了！
我发现只有用CUDA_VISIBLE_DEVICES把沾满的GPU给屏蔽掉才能跑，如果单单用-gpu_id不管提交到哪个GPU都会报相同的错误。感觉这可能是GROMACS多GPU环境下的一个bug（多GPU下只要有某个GPU被占满则无法提交到所有的GPU）。。。

tomwong4253 发表于 Post on 2020-2-22 20:34:21

wzhang 发表于 2020-2-21 16:52
这个server我可能没有权限重启。我试了重新安装gromacs也还是相同的问题，不知道是不是其他用户在算pytho ...

利用CUDA_VISIABLE_DEVICE环境变量或者-gpu_id参数指定某个个GPU再跑试试，有可能你的作业被扔到只剩一点显存的GPU上了，和别人一挤就炸了。

sobereva 发表于 Post on 2020-2-21 16:36:39

重启后，跑一个之前能正常跑的任务看看

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register