961106 发表于 2020-2-23 11:19
谢谢老师的建议，我把速度缩小了十倍，又注意到了报错信息里有提示说XXX non-matching atom names，于是 ...

group，并且最好nstlist、rcoulomb、rvdw统一，而且尽量设大一些

961106 发表于 2020-2-22 19:20
谢谢老师回复，我表述的可能不是很清楚，没加钠离子的时候两个球是碰撞后碎裂的，不是一开始就碎裂的，我 ...

把碰撞速度设小点再试。

sobereva 发表于 2020-2-22 17:42
跟加不加离子没什么关系

你先别加速度，看水球能不能维持住。如果不碰撞都会散架，肯定拓扑文件或者mdp ...

谢谢老师回复，我表述的可能不是很清楚，没加钠离子的时候两个球是碰撞后碎裂的，不是一开始就碎裂的，我按照您的建议把速度去了之后发现两个水球是可以维持球状不破碎的，这是我NVE的mdp文件，请问老师是有什么问题吗？
define =
integrator = md
dt         = 0.001   ; ps
nsteps     = 1000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 10
nstvout = 10
nstfout = 0
nstlog  = 1000
nstenergy = 10
nstxout-compressed = 0
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
rlist = 1.2
nstlist = 1
cutoff-scheme = group
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 1.2
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.2
DispCorr      = no

跟加不加离子没什么关系

你先别加速度，看水球能不能维持住。如果不碰撞都会散架，肯定拓扑文件或者mdp有严重问题