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求助QM/MM C-C键截断出现孤立原子的问题

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hhhnano

发布时间: 2020-2-23 13:05

正文摘要:

本帖最后由 hhhnano 于 2020-2-23 13:08 编辑我在用VMD划分QM/MM以便用AMBER进行MD模拟，在VMD种使用以下命令： serial 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 712 713 7 ...

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DoubeeTwT 发表于 Post on 2020-3-23 14:31:53

QM/MM计算的时候其实就是将你断裂后的高层加H补全的
大概就是H3C-CH3中的CC键作为高低层分界的话，高层并不是按照H3C-自由基而是CH4在计算
但你那个O是哪里来的我还真不知道，应该就是平衡用的虚拟原子，并不在实际的原子列表里，不影响结果

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