绘制LOL-pi等值面图时，π轨道不连续的问题

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发布时间: 2020-2-24 15:59

本帖最后由 chmdong 于 2020-2-24 16:07 编辑大神好，本人在绘制分子LOL-pi等值面图时，按照此文“在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征”，采取对非纯平面的体系考察pi电子结构方式，按文章中命令顺序，但结果遇 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-2-24 16:45:14

chmdong 发表于 2020-2-24 16:23
但在这个分子体系中，这两个孤对电子是应该被计入π电子轨道的，否则也不会手动输入轨道数，N原子上π电子 ...

孤对电子显然不应当计入pi轨道。
你把我那篇论文里的算法仔细看了就知道怎么去调节参数，关键一点是单中心判断阈值，用选项-10可以设，你把它设得更大就可以让近乎单中心分布的LMO（诸如对应孤对电子的）被当成成键轨道

chmdong 发表于 Post on 2020-2-24 16:23:15

但在这个分子体系中，这两个孤对电子是应该被计入π电子轨道的，否则也不会手动输入轨道数，N原子上π电子分布就连续了，这个我有不止一个分子体系证明，所以我想请问问题是否可能出在图3的参数设定上

sobereva 发表于 Post on 2020-2-24 16:13:53

N上是孤对电子，本来也不是pi电子。所以你的图1是非常正常的
诸如我这篇Theoretical Chemistry Accounts (2020) 139:25文中的图8，也氨基的孤对电子也没被算进去

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