sobereva 发表于 2020-3-3 10:54 好的 我大概懂了 电荷可以在data文件中设置。 谢谢你 |
sobereva 发表于 2020-3-3 10:54 就是我怎样确定我建立的是离子而不是分子呢？ 因为后面要加电场。我看的一篇文献就写用钠离子的的pdb文件构造模型，就是不知道怎样才算是离子构型 |
lxc 发表于 2020-3-2 08:54 你当前只是把gview当建模工具用，何必管它电荷怎么显示 |
sobereva 发表于 2020-3-1 23:25 您好 我想做的的是这样的：1. GAUSSVIEW建立单个pt，离子液体BF4-,EMIM+构型 2. PACKMOL建立初始模型（包含11644个pt原子的毛细管中 的2160个分 子的初始构型和平衡后的最终构型），导出pdb文件。 3VMD将pdb文件转化为data文件，修改data文件中的势能 参数，键结作用参数和键角参数等。得到LAMMPS可读取DATA文件。 4.LAMMPS运行，得到，轨迹坐标文件等。 复现一篇文献，现在不知道怎样才算得到离子文件，就电荷那有问题 |
lxc 发表于 2020-3-1 10:30 完全搞不懂你的意思 实际做计算的时候电荷该是几自己在gjf里一写就完了，何必管gview怎么显示 |
snljty 发表于 2020-2-29 16:26 好的 可是我要用pdb文件建离子模型 那应该怎么办呢 |
lxc 发表于 2020-2-29 16:10 gjf是Gaussian Job File缩写，不是gif。 自己用文本编辑器比如记事本打开你的pdb文件看一眼就明白了。根本没有记录这个字段。 |
sobereva 发表于 2020-2-26 19:08 你好 gif载入·后确实是有电荷的· 请问为什么保存成pdb文件后·再打开就显示中性了 |
| 自己手动修改gjf的电荷。之后gjf载入gview绝对不可能给你显示成中性，因为此时gview状态栏的电荷就是从gjf里读的 |
lxc 发表于 2020-2-26 11:58 怎么改的，怎么显示的。绝大部分情况你应该扔掉GaussView生成关键词的功能，用文本编辑器比如最简单的记事本打开输入文件(Windows下默认.gjf)，手动改里面关键词，然后调用g09w.exe或者g09.exe计算。用GaussView生成太麻烦，太乱，不方便，而且不容易确定有没有错。 |
snljty 发表于 2020-2-25 21:01 你好 这是我改后的 但是保存之后再打开 就又显示中性了 |
| 眼神问题。楼上正解。另外，你改电荷就罢了，改自旋多重度可是要命的。 |
| 左下角写的明明是-1 charge |
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