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使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域

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发布时间: 2020-3-5 06:48

正文摘要:

使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域Using Multiwfn to graphically display pores and free regions in molecular dynamics 文/Sobereva@北京科音First release: 2020-Mar-5  &nbs ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-9-13 15:43:53
liyuqing 发表于 2024-9-13 10:35
老师您好,我想问一下,我现在有一个粗粒化之后的网络,将这个网络写成pdb文件格式,这样可以用multiwfn算 ...

不支持粗粒化。Multiwfn因为无法判断珠子的半径
liyuqing 发表于 Post on 2024-9-13 10:35:04
老师您好,我想问一下,我现在有一个粗粒化之后的网络,将这个网络写成pdb文件格式,这样可以用multiwfn算孔洞大小吗
luogaoyang123 发表于 Post on 2023-3-27 15:28:37
xylz6188 发表于 2020-6-22 11:28
下一个课题我就用一下,挺酷的。Sob老师,要是Multiwfn能模拟孔隙率,孔径分布就更棒了

兄弟 孔径分布你用的什么软件做的
naoki 发表于 Post on 2021-10-31 21:13:22
sobereva 发表于 2021-10-31 21:00
没有什么额外的操作能节约时间。嫌耗时高的话可以增加格点间距。

好滴,谢谢老师~
sobereva 发表于 Post on 2021-10-31 21:00:25
naoki 发表于 2021-10-31 20:35
Sob老师好,我想请教一下您,如果只想得到自由体积,不需要可视化格点数据,有没有什么操作可以节省时间, ...

没有什么额外的操作能节约时间。嫌耗时高的话可以增加格点间距。
naoki 发表于 Post on 2021-10-31 20:35:46
Sob老师好,我想请教一下您,如果只想得到自由体积,不需要可视化格点数据,有没有什么操作可以节省时间,谢谢啦!
sobereva 发表于 Post on 2021-9-13 07:24:55
ycl1111 发表于 2021-6-3 13:18
这个是什么晶体啊?是用什么软件算的,我想算草酸晶体里的孔洞大小,有什么建议可以给我吗?谢谢了!

直接按本文里说的用Multiwfn算啊,帖子把过程说得如此清楚了还有什么要问的
sobereva 发表于 Post on 2021-9-13 07:19:31
今天官网上更新的Multiwfn大幅改进了本文介绍的功能,我也大幅地相应修改了本文。

目前Multiwfn的这个功能已完美支持了对非正交盒子情况的计算,而且支持了两种新的切换函数用于平滑化,在文中都提了。而且支持了任意格式的包含晶胞信息的文件作为输入文件,文中也说了。
ycl1111 发表于 Post on 2021-6-3 13:18:00
hanmingxi 发表于 2020-6-21 21:49
sob老师我按照这个步骤算了下小分子,中间步骤都对,但最后显示图片的时候发现自由体积显示不出来,想请教 ...

这个是什么晶体啊?是用什么软件算的,我想算草酸晶体里的孔洞大小,有什么建议可以给我吗?谢谢了!
hanmingxi 发表于 Post on 2020-6-23 01:59:41
sobereva 发表于 2020-6-22 14:07
你得上传你的文件,告诉我具体操作步骤我才能回答
算你自己的体系前先把例子重复一遍,确保操作无误

sob老师,之前的例子我跑过的是没有问题的,这个是我计算用的pdb文件

cc.pdb

16.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

sobereva 发表于 Post on 2020-6-22 14:07:13
hanmingxi 发表于 2020-6-21 21:49
sob老师我按照这个步骤算了下小分子,中间步骤都对,但最后显示图片的时候发现自由体积显示不出来,想请教 ...

你得上传你的文件,告诉我具体操作步骤我才能回答
算你自己的体系前先把例子重复一遍,确保操作无误
xylz6188 发表于 Post on 2020-6-22 11:28:04
下一个课题我就用一下,挺酷的。Sob老师,要是Multiwfn能模拟孔隙率,孔径分布就更棒了
hanmingxi 发表于 Post on 2020-6-21 21:49:27
sob老师我按照这个步骤算了下小分子,中间步骤都对,但最后显示图片的时候发现自由体积显示不出来,想请教下您可能是哪里出错了?

图片1.png (134.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 131)

图片1.png

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