计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 求助genmer生成团簇中原子的朝向问题

求助genmer生成团簇中原子的朝向问题

查看数: 7121 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

pengzh

发布时间: 2020-3-9 20:00

正文摘要:

请问genmer生成团簇的时候，团簇中原子朝向是杂乱的，如何直接生成有规律的原子朝向调的团簇呢？如图举个例子：中心原子是金属原子M，外围是以BH整体来生成的，但是生成的BH朝向是杂乱的，我希望B在内层M而H在最外 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2020-3-11 11:44:23

关于VMD显示的键连问题看下文，不要被显示的键连关系影响了判断
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

liyuanhe211 发表于 Post on 2020-3-10 13:03:30

pengzh 发表于 2020-3-10 09:08
第二张图就是先生成MB的模型，再用excel建立H坐标贴上去实现的

之前没有注意有这张图。
这样做有什么问题吗？

pengzh 发表于 Post on 2020-3-10 09:08:46

liyuanhe211 发表于 2020-3-10 04:54
先生成只有硼的模型，然后在M-B方向上延伸一个B-H键长创建氢原子。用excel就可以实现

第二张图就是先生成MB的模型，再用excel建立H坐标贴上去实现的

pengzh 发表于 Post on 2020-3-10 09:06:56

sobereva 发表于 2020-3-9 20:52
没法设置朝向。可尝试设置genmer.ini，让氢距离中心距离较远分布。不过这样有可能有的氢会形成氢气跑掉
更 ...

谢谢，sob老师。第一个确实会形成一些氢气跑掉。那我学习一下第二个吧。

liyuanhe211 发表于 Post on 2020-3-10 04:54:02

先生成只有硼的模型，然后在M-B方向上延伸一个B-H键长创建氢原子。用excel就可以实现

sobereva 发表于 Post on 2020-3-9 20:52:15

没法设置朝向。可尝试设置genmer.ini，让氢距离中心距离较远分布。不过这样有可能有的氢会形成氢气跑掉
更好的做法是先手动摆出一种大致靠谱的氢在B上面的构型，然后高温跑MD轨迹（用xtb实现就不错），然后用molclus处理，过程参考
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register