ATB生成拓扑文件一天时间还未出结果正常吗

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发布时间: 2020-3-10 19:29

各位老师好，我是做MD的新人，现已按Sob大的教程，截取了PDB上的小分子配体，由于没找到破解版的Gaussview所以用Open Bable自动加上了氢，最后将配体提交到ATB网站在线生成拓扑。然后到现在快一整天了还没算好，这 ...

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liuzejiang 发表于 Post on 2020-3-11 13:35:29

sobereva 发表于 2020-3-11 11:23
如果不是非得基于GROMOS96系列力场，还不如用acpype，只要不要求做优化和自动算电荷的话，你这种大小的体系 ...

非常感谢Sob老师指点迷津，之前从您的指南了解到基于Multiwfn算RESP是最准的，我目前也正根据您的教程来执行这种方法

sobereva 发表于 Post on 2020-3-11 11:23:34

如果不是非得基于GROMOS96系列力场，还不如用acpype，只要不要求做优化和自动算电荷的话，你这种大小的体系拓扑文件几秒钟就能搞完。之后用Multiwfn算个RESP电荷补进去也花不了多少时间（见http://sobereva.com/441），而且比起ATB给的电荷质量明显更好。

liuzejiang 发表于 Post on 2020-3-11 08:32:51

tjuptz 发表于 2020-3-11 07:07
有时候排队俩计算要很久，一个礼拜都有可能

好滴，多谢解惑

tjuptz 发表于 Post on 2020-3-11 07:07:54

有时候排队俩计算要很久，一个礼拜都有可能

liuzejiang 发表于 Post on 2020-3-10 21:27:03

mol 发表于 2020-3-10 19:42
正常

谢谢，那我再继续等等

mol 发表于 Post on 2020-3-10 19:42:54

正常

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