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freq任务中分子平动和转动的投影问题

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YanLiu

发布时间: 2020-3-11 15:41

正文摘要:

大家好，最近读 Vibrational Analysis in Gaussian 这篇文章，文章中介绍到了将Hessian矩阵中分子的平动和转动从Hessian矩阵中分离出来的方法，总结一下，即构造一个转换矩阵，投影掉上述的两种运动，让。大致有以下 ...

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YanLiu 发表于 Post on 2020-3-13 08:52:26

sobereva 发表于 2020-3-13 04:54
只要用了tight优化收敛限结合ultrafine，一般转动频率都不会这么大

嗯嗯，gaussian16默认的是ultrafine，但是那个是gaussian09在默认情况下算的，我的锅。

sobereva 发表于 Post on 2020-3-13 04:54:40

YanLiu 发表于 2020-3-12 18:23
嗯嗯，是这么个情况。但是偶尔有极个别的个例，比如在做1,3丁二烯的时候，前面六个低频里面最大的有40cm- ...

只要用了tight优化收敛限结合ultrafine，一般转动频率都不会这么大

YanLiu 发表于 Post on 2020-3-12 18:23:36

sobereva 发表于 2020-3-12 11:48
只要优化用的收敛限较严，积分格点不太烂，其实做不做投影都无所谓，影响甚微，像GAMESS-US都不做投影

嗯嗯，是这么个情况。但是偶尔有极个别的个例，比如在做1,3丁二烯的时候，前面六个低频里面最大的有40cm-1左右。比较神奇的是，gaussian输出文件好像仍然用没有投影的hessian算频率。还有就是，构建了内部扭转坐标以后，放到那个矩阵里面，做同样的运算后，可以投影掉内部扭转，这对考察低频扭转很有帮助。

sobereva 发表于 Post on 2020-3-12 11:48:30

只要优化用的收敛限较严，积分格点不太烂，其实做不做投影都无所谓，影响甚微，像GAMESS-US都不做投影

YanLiu 发表于 Post on 2020-3-12 10:13:21

问题已经解决，但是方法和这篇文章中说的不太一样，但亲测有效。说一下大致过程：
1.按照上述方法构建六个向量
2.将向量正交归一化
3.将上述向量乘以它的转置矩阵得到3N*3N维矩阵
4.用单位矩阵减去得到的矩阵就会得到一个新的矩阵P
5.原Hessian矩阵记为H，则投影掉平动和转动的矩阵H'计算公式为：
H'=PHP

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