王涛 发表于 2025-11-13 10:08 molclus给你的是单个体系的电子能量或自由能最低的几何结构及能量值，算结合能是自己的事，跟molclus毫无直接关系，看下文 谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想 http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html） |
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老师，如果想结合使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=84268 (出处: 计算化学公社) 第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能这一步，先Gaussian进行几何优化和频率分析，再在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能，请问该如何实现呢？ |
| 老师，请问如果有一个过渡金属配合物A-B-A，过渡金属中心B和两个不相连的相同配体A。是应该定义三个片段，计算E_all(A-B-A）- E_all(A）- E_all(B）- E_all(A），还是把两个配体A当作一个片段，计算E_all(A-B-A）- E_all(A-A）- E_all(B）呢。如果定义三个片段，Multiwfn是不是暂时不支持，我可以先定义两个片段，再仿照前面写一个第三个片段的$new_job。 |
sobereva 发表于 2025-6-21 04:20 不好意思sob老师，我眼瞎了 |
0608llt 发表于 2025-6-20 14:21 一个字一个字阅读此文 注意提高阅读能力 |
| 文中写的文件包在哪啊 |
wzkchem5 发表于 2024-4-10 21:52 好的老师，感谢您讲的这么清楚，我再弄一下 |
ligninpyrolysis 发表于 2024-4-10 09:10 报错信息说得那么清楚，potentially linear dependencies in the auxiliary basis 别只去搜那行ORCA finished by error termination in GTOInt。如果只有“ORCA finished by error termination in GTOInt”，之前没有其他的报错信息，那倒还有比较大概率是并行的问题。 做计算最忌讳的就是不经理解报错信息的内容，直接去搜之前有没有人遇到过相同的报错。看到报错信息，第一要想的应该是正确判断哪几行是报错信息，不遗漏任何可能是报错信息的话；第二，对报错信息做英语阅读理解，把报错信息的意思读懂。比如这里你就应该看到potentially linear dependencies in the auxiliary basis是说辅助基组可能有线性相关，此时你就应该在orca手册里搜linear dependency，会发现主要在两个地方出现，一个是讲轨道基线性相关的，用sthresh解决；一个是讲辅助基线性相关的，用PGC解决 |
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本帖最后由 ligninpyrolysis 于 2024-4-10 16:37 编辑 sob老师好，我按照这个教程在课题组的集群上计算结合能，①先算了氯化胆碱和乳酸结合的结合能，使用8核每个5000MB计算的，成功了，得到了5个能量。但是在算②两个我的木质素模型化合物的结合能时，出现了如下图的错误，这个是因为什么原因造成的呢？ 
我查了下可能是并行计算时出的问题，然后就改为先用1个核1000MB看一下，还是报错了，显示如下
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sobereva 发表于 2020-5-23 06:05 社长，把这个功能加一个可以定义计算多个片段的功能 |
| 在本文末尾增加了自动批量计算和输出结合能的脚本 |
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