求助：羟基上的氧原子能否和金属离子形成配位键

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发布时间: 2020-3-15 14:42

本帖最后由 minishotgun 于 2020-3-16 15:10 编辑我在用amber中的MCPB.py方法构建配位键参数，晶体结构里显示镁离子和蛋白质残基上的原子形成配位键。我之前看到的都是金属离子和羰基上的氧或去质子化的羧基上的 ...

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minishotgun 发表于 Post on 2022-1-9 10:32:06

我模拟的结构中金属位点没有结晶水。

MCPB官方教程中有提到如何处理金属中心形成配位键的结晶水，好像是要用非键合模型的，你可以去官网上看一下详细的教程。

我自己也没有处理过这种体系，不太熟悉，不好意思呀。

byqyb 发表于 Post on 2021-12-9 17:48:00

minishotgun 发表于 2020-3-25 23:19
经过我的测试，在使用bonded model时需要把THR侧链羟基上的氢原子删除，否则做平衡的时候氢原子会干扰金属 ...

题主，想问一下你的金属位点有结晶水吗？对和Mg配位的结晶水你是怎么处理的？

sobereva 发表于 Post on 2021-10-20 02:35:55

xxzj 发表于 2021-10-19 14:32
老师，在下面的chemdraw图中，氮和金属银进行配位，想对该分子进行优化，但是不知道在gaussview中金属银 ...

没看见图

xxzj 发表于 Post on 2021-10-19 14:32:02

sobereva 发表于 2020-3-16 11:18
碱金属、碱土金属形成的一般都不叫配位键，这种情况作用基本上都是静电作用，不需要特殊的bond项，靠原子电 ...

老师，在下面的chemdraw图中，氮和金属银进行配位，想对该分子进行优化，但是不知道在gaussview中金属银的位置如何确定？

minishotgun 发表于 Post on 2020-3-25 23:19:37

经过我的测试，在使用bonded model时需要把THR侧链羟基上的氢原子删除，否则做平衡的时候氢原子会干扰金属中心，导致amber报错。

minishotgun 发表于 Post on 2020-3-16 15:15:00

本帖最后由 minishotgun 于 2020-3-16 15:18 编辑

sobereva 发表于 2020-3-16 11:18
碱金属、碱土金属形成的一般都不叫配位键，这种情况作用基本上都是静电作用，不需要特殊的bond项，靠原子电 ...

谢谢社长指导！我去比较一下amber默认的金属离子力场和MCPB.py方法的bonded model哪个更适合我们的体系，个人感觉bonded model会更好。

sobereva 发表于 Post on 2020-3-16 11:18:46

碱金属、碱土金属形成的一般都不叫配位键，这种情况作用基本上都是静电作用，不需要特殊的bond项，靠原子电荷表现的静电相互作用来描述就够了。过渡金属那种才当成配位键

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