Yancherry 发表于 2022-2-23 16:14 我没做过这种，是否可以用该原子的X坐标（或YZ坐标）作为CV？但我不知道程序能否实现 |
| 您好！我在学习用plumed做二维自由能，但是有些还是看不明白，想向您请教一下！ 我看教程里都是求两组原子的距离作为CV，但是如果想让原子从盒子的一端移动到另一端，该用原子和什么的距离作为CV呢？是要设置一个虚拟原子，将其放在盒子的另一端，将原子和虚拟原子间的距离作为CV吗？还是应该怎么设置呢请问？ |
| 请问你是在用plumed进行伞状采样吗，我也准备做，不知道如何实现伞状采样 |
本帖最后由 霜晨月 于 2020-3-19 03:54 编辑 fhh2626 发表于 2020-3-18 11:49 我也考虑过施加约束，但施加约束不是会改变自由能面吗？ 如果把这个约束的影响也考虑进去，那么等于是又增加了一个CV，二维采样变三维了 |
霜晨月 发表于 2020-3-18 01:18 WT-MtD都不收敛的话一般是反应坐标选择的问题了，你要看看你的轨迹上是不是在其他自由度上有没预期到的变化，可以施加一些几何约束 |
fhh2626 发表于 2020-3-17 22:22 嗯，谢谢付博士 我从前尝试过另一个蛋白体系的2D well-tempered metadynamics，总感觉收敛性是个问题，所以这次没有采用。eABF还没试过。 |
|
（1）可以 （2）其实也可以，但是要在两个维度分别设置合适的力常数，保证你说的那个区域的所有bin中都能有充足的采样 总的来说多维自由能计算不推荐US，推荐eABF或者WT-metadynamics |
wuzhiyi 发表于 2020-3-17 17:54 谢谢，明白您的意思了 |
|
这应该就没有问题 周期性只指torsion，angle不能算有周期性。 |
本帖最后由 霜晨月 于 2020-3-17 02:15 编辑 wuzhiyi 发表于 2020-3-17 01:04 多谢！ 体系有周期性，您指的是CV有周期性（比如angle，torsion）？我的两个CV都是距离的线性组合，没有周期性。 我的体系是蛋白-水体系，用了周期性边界条件（PBC），但您这里说的周期性应该不是这个意思吧？ 我理解您说的采样区域应该是一个封闭的盆地，我根据预跑的MD判断应该是这样。如果届时basin出现了开口，就再增加采样窗口。 Thanks！ |
|
可以只做你感兴趣的区域 如果体系有周期性的话 做全在一定程度上有益 没有周期性的话 意义不大但要注意 一定不能让边界出现任何的低自由能区域 最好可以显示你的采样区域是一个封闭的盆地 |
|
求各位老师指教 @fhh2626 @k64_cc @hdmd @sobereva |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-23 21:24 , Processed in 0.192390 second(s), 31 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites