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求助：蛋白模拟时amber力场的问题

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weiyi8061225

发布时间: 2020-3-19 16:45

正文摘要:

大家好，我有一个关于gromacs力场的问题，希望大家有时间可以帮忙解答一下，非常感谢。我在用分子动力学算蛋白的时候，用的是amber03的力场，在用pdb2gmx生成拓扑文件时，发现会出现下面的warning，之后我发现力场中 ...

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youknowdcf 发表于 Post on 2024-11-14 09:56:36

这个问题是旧版gromacs里面，amber03.ff目录下aminoacids.rtp的问题，下载一个新版本gromacs里面自带的amber03.ff就可以了

刘铮12 发表于 Post on 2021-12-25 16:54:35

同学，您的问题解决了吗，我也遇到了相同的问题

sobereva 发表于 Post on 2020-3-21 13:02:41

我不知道你的力场文件是怎么回事，诸如gmx2019.5的amber03.ff目录下的aminoacids.rtp里的GLY本来就没有CB（而且对amber力场的情况也不需要定义[ dihedrals ]，因为pdb2gmx会自己生成）：

[ GLY ] ; HAx atoms assigned new ff03 atom type
[ atoms ]
   N N          -0.374282 1
   H H          0.253981 2
CA CT       -0.128844 3
HA1 H0          0.088859 4
HA2 H0          0.088859 5
   C C          0.580584 6
   O O          -0.509157 7
[ bonds ]
   N    H
   N CA
CA HA1
CA HA2
CA    C
   C    O
-C    N
[ impropers ]
-C CA    N    H
CA +N    C    O

sobereva 发表于 Post on 2020-3-19 21:10:56

检查pdb里4号残基，看看是否缺了CB原子，缺的话自行补上后再用pdb2gmx。缺重原子的情况模拟结果没法要

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