求助计算沿着某一个方向（如：Z轴方向）的变化自扩散系数

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发布时间: 2020-3-28 22:37

求助计算沿着某一个方向（如：Z轴方向）的变化自扩散系数求助下面的这个图如何做出

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wgg1181543722 发表于 Post on 2022-4-28 23:55:03

你好，请问一下，沿Z轴的扩散系数问题解决了吗

18813078862 发表于 Post on 2020-3-30 10:37:02

sobereva 发表于 2020-3-29 11:22
把不同z对应的薄片里分子中的原子序号加入索引文件作为组，gmx msd统计的时候统计这个组，作为这个薄片里的 ...

好的，谢谢老师

18813078862 发表于 Post on 2020-3-30 10:36:40

好的，谢谢卢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-3-29 11:22:22

把不同z对应的薄片里分子中的原子序号加入索引文件作为组，gmx msd统计的时候统计这个组，作为这个薄片里的粒子的扩散系数。但由于粒子在模拟过程中会不断移动，过一阵就不在这个薄片里，所以统计时间还不能太长，还得对轨迹每隔一定时间跨度就重新对组重新定义
得自己写点脚本自动化完成这个过程

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