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小脚本-vmd画虚线

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发布时间: 2015-9-1 22:56

正文摘要:

本帖最后由 Eming 于 2023-12-15 21:36 编辑 #2023.12.15       看有人回复说这是快10年的帖子了。想想确实也差不多了,在自己博士和博士后期间虽然都是只做生化实验,但对计算的热情从来没 ...

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TwilyAbyss 发表于 Post on 2024-5-13 11:58:50
楼主您好!可以将虚线的起点设置为某分子片段的中心吗?比如二茂铁中Cp环的中心,谢谢!
Eming 发表于 Post on 2024-4-9 14:01:51
本帖最后由 Eming 于 2024-4-9 14:04 编辑
fitterluo 发表于 2024-4-7 21:35
请问这是什么原因呢

没有加载脚本吧,source draw_bond.tcl
fitterluo 发表于 Post on 2024-4-7 21:35:47
请问这是什么原因呢

202404072135339618..png (8.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

202404072135339618..png
Qingming 发表于 Post on 2023-12-4 14:11:38
Eming 发表于 2023-12-4 11:33
#Usage example:
#draw_bond -mol1 0 -index1 1 -mol2 1 -index2 1 -h_nbars 25 -h_space 1 -h_arrow 0  ...

哇,谢谢楼主,差不多十年的帖子了,感谢
Eming 发表于 Post on 2023-12-4 11:33:12
Qingming 发表于 2023-12-1 21:55
究竟怎么用啊,有没有详细点的教程,输入参数好不明确,不知道该怎么输

#Usage example:
#draw_bond -mol1 0 -index1 1 -mol2 1 -index2 1 -h_nbars 25 -h_space 1 -h_arrow 0 -h_radius 0.1 -color yellow -mat Opaque -h_type cylinder -h_resol 25
#--->以下是选项介绍:
# -mol1 0; 第一个原子所在分子的ID
# -index1 200; 第一个原子的index号
# -mol2 0; 第二个原子所在分子的ID
# -index2; 第二个原子的index号
# -h_nbars 25; 虚线的段数
# -h_space 1; 虚线的空隙大小
# -h_arrow 0; 虚线两端要不要画个箭头啊
# -h_radius 0.1; 虚线的粗细
# -color yellow; 虚线的颜色
# -mat Opaque; 虚线的材质
# -h_type cylinder; 虚线的风格,支持sphere, cylinder, pymol, cone, line几种风格,
# -h_reol 25; 虚线的分辨率,平滑度
Qingming 发表于 Post on 2023-12-1 21:55:51
究竟怎么用啊,有没有详细点的教程,输入参数好不明确,不知道该怎么输
snljty 发表于 Post on 2021-4-30 11:33:07
星斗如盘 发表于 2021-4-30 11:10
没有看到使用方法呀?

那么大的“Usage example:”
星斗如盘 发表于 Post on 2021-4-30 11:10:33
没有看到使用方法呀?
jluZ 发表于 Post on 2021-3-5 15:47:26
wgg1181543722 发表于 2020-12-30 23:12
不小心画错了 draw_bond  -index1 1  -index2 3  怎么取消呢?楼主

draw delete all
nianbin 发表于 Post on 2021-3-1 03:31:19
请问下这个脚本应该如何使用,能不能出个教程啥的,多谢。
Eming 发表于 Post on 2021-2-24 10:35:21
skdmax 发表于 2020-12-31 10:25
能在一个分子的不同原子之间画虚线吗?

完全可以,-mol1和-mol2就是用来指定哪两个分子的
skdmax 发表于 Post on 2020-12-31 10:25:37
能在一个分子的不同原子之间画虚线吗?
wgg1181543722 发表于 Post on 2020-12-30 23:12:36
不小心画错了 draw_bond  -index1 1  -index2 3  怎么取消呢?楼主
Eming 发表于 Post on 2019-2-12 09:06:11
diaok 发表于 2016-6-20 14:59
感谢分享

然后补充说明下氢键的那个脚本

已经修改脚本,谢谢建议
Eming 发表于 Post on 2016-6-20 15:58:42
diaok 发表于 2016-6-20 14:59
感谢分享

然后补充说明下氢键的那个脚本

如果你的molecule是的id是top的(无论是0,1还是10等)自然可以改,如果不是,还是用数字表示id比较现实啊。

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