求助：grompp提示总电荷不为零

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发布时间: 2020-3-30 17:50

我建了A,B两个分子，然后手动修改了itp文件中[ atomts ]中原子的电荷，我算了一下修改后两个分子itp文件中[ atomts ]里charge总和分别为0.0001和-0.000001。我在盒子里分别放入了360个A和444个B,总电荷不应该是0.000 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-12-11 02:17:05

xishaofan 发表于 2024-12-10 09:30
sob老师，手动微调对计算分子静电势有影响吗

肯定有，但可以忽略不计，肉眼上都看不出差别

xishaofan 发表于 Post on 2024-12-10 09:30:11

sobereva 发表于 2023-12-18 23:41
手动微调一下就完了

sob老师，手动微调对计算分子静电势有影响吗

sobereva 发表于 Post on 2023-12-18 23:41:55

Newbee_Ccc 发表于 2023-12-18 17:17
老师，您好！借楼问一下，我通过MCPB.py生成了top文件，但是现在显示整体的电荷不为零，0.003，这么大的 ...

手动微调一下就完了

Newbee_Ccc 发表于 Post on 2023-12-18 17:17:50

sobereva 发表于 2020-10-17 14:38
是。不会

目前官网上最新的Multiwfn给出RESP电荷的时候会输出多达小数点后10位，精度已经非常高了，不 ...

老师，您好！借楼问一下，我通过MCPB.py生成了top文件，但是现在显示整体的电荷不为零，0.003，这么大的偏差，应该是我构建的时候出了问题吧？应该不能够手动来调整吧

FMGwenyanhoon 发表于 Post on 2020-10-19 11:23:40

sobereva 发表于 2020-10-17 14:38
是。不会

目前官网上最新的Multiwfn给出RESP电荷的时候会输出多达小数点后10位，精度已经非常高了，不 ...

好的好的，那我下次多保留几位小数点

sobereva 发表于 Post on 2020-10-17 14:38:05

FMGwenyanhoon 发表于 2020-10-15 16:18
您好，截图是用您帖子里RESP2(0.5)计算的2,2,4-Trimethylpentane的电荷以及最后一行的电荷之和。
可以看 ...

是。不会

目前官网上最新的Multiwfn给出RESP电荷的时候会输出多达小数点后10位，精度已经非常高了，不需要手动做加加减减。

FMGwenyanhoon 发表于 Post on 2020-10-15 16:18:41

sobereva 发表于 2020-4-1 03:31
显然不能把自己设的电荷给注释掉了
注释掉后会自动用[atomtypes]里的原子电荷，这没有任何实际意义

您好，截图是用您帖子里RESP2(0.5)计算的2,2,4-Trimethylpentane的电荷以及最后一行的电荷之和。
可以看到最后电荷之和不为零，您说的手动调零是不是就是在比如小数点后第五位第六位，自己稍微加加减减一下？这样小幅度的修改不会对结果产生错误影响是吧？

123.png (50.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

RESP2(0.5)

sobereva 发表于 Post on 2020-4-1 03:31:57

王寓于发表于 2020-3-31 17:00
自己回一下自己，是因为itp文件中分号把手动填写的电荷注释掉了而使用了力场自带的电荷，把分号删了就行了 ...

显然不能把自己设的电荷给注释掉了
注释掉后会自动用[atomtypes]里的原子电荷，这没有任何实际意义

王寓于 发表于 Post on 2020-3-31 17:00:51

自己回一下自己，是因为itp文件中分号把手动填写的电荷注释掉了而使用了力场自带的电荷，把分号删了就行了。原理不明。

sobereva 发表于 Post on 2020-3-30 23:20:46

手动调整atoms里的电荷，让加和精确为0，然后再看情况

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