如何提升gromacs的计算效率？

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发布时间: 2020-4-4 20:48

我用的是gromacs是MPI版，今天演算了一个五万原子，200ps的nvt平衡（gmx_mpi mdrun -deffnm npt -ntomp 12 -pin on），计算速度只有7ns/day，实际用时1h。而体系实际上需要进行50ns的nvt平衡，我觉得这样计算太慢了 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-4-5 14:59:51

别用那么老版本，性能不如新版本
而且没事甭用MPI版，本来编译就更麻烦，速度还不如默认用的thread_MPI和OpenMP混合并行
-ntmpi 4 -ntomp 6利用24核并行，而-np 4只利用4核并行

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