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求助，gromacs能量最小化时出现错误top文件中has mass 0

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xzb

发布时间: 2020-4-5 18:15

正文摘要:

本帖最后由 xzb 于 2020-4-6 17:25 编辑老师们好，我最近在做50聚的聚苯乙烯吸附根皮苷的模拟。我首先用MS画出聚合度为50的聚苯乙烯分子，然后用ATB得到itp文件，如下图请问是什么情况呢？希望老师们能帮帮 ...

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xzb 发表于 Post on 2020-4-8 16:21:09

sobereva 发表于 2020-4-8 07:44
先搞清楚蛋白质的拓扑文件是怎么通过pdb2gmx产生的，结合手册搞清楚pdb2gmx的运作机制，照着自带的rtp里 ...

好的，谢谢sob老师，我尝试一下！

sobereva 发表于 Post on 2020-4-8 07:44:09

xzb 发表于 2020-4-7 11:01
sob老师，能不能请问一下rtp文件该怎么书写还有如何把高聚物看成由多个寡聚物组成？本人小白一枚，刚接触 ...

先搞清楚蛋白质的拓扑文件是怎么通过pdb2gmx产生的，结合手册搞清楚pdb2gmx的运作机制，照着自带的rtp里各种氨基酸残基的写法自己写出来聚合物重复单元的定义就行了

xzb 发表于 Post on 2020-4-7 11:01:32

本帖最后由 xzb 于 2020-4-7 11:18 编辑

sobereva 发表于 2020-4-6 19:48
charge那一列下面都是%%，显然不行，必须得是原子电荷。
8成是体系太大，导致ATB没法给你算出来电荷。
本 ...

sob老师，能不能请问一下rtp文件该怎么书写还有如何把高聚物看成由多个寡聚物组成？本人小白一枚，刚接触分子动力学模拟，问的问题比较低端，希望老师不要生气。

xzb 发表于 Post on 2020-4-6 22:58:08

sobereva 发表于 2020-4-6 19:48
charge那一列下面都是%%，显然不行，必须得是原子电荷。
8成是体系太大，导致ATB没法给你算出来电荷。
本 ...

好的，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2020-4-6 19:48:01

charge那一列下面都是%%，显然不行，必须得是原子电荷。
8成是体系太大，导致ATB没法给你算出来电荷。
本来这种聚合物也绝对不应当直接拿拓扑文件产生工具去搞，而应当自己写rtp，通过pdb2gmx来产生（将聚合物视为蛋白质一样由各个单元组合而成）。如果用GAFF力场，单体的原子电荷可以用Multiwfn对寡聚物的模型体系加上约束条件算RESP电荷得到（http://sobereva.com/441），然后整个聚合物的原子电荷就相当于所有单体的拼接

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