如果DPD是指耗散粒子动力学，对这种体系用DPD非常莫名其妙，而且跑完了也没法给你原子级别的结构，不可能做RDG分析。

如果你用常规全原子动力学，跑完了之后提取有代表性的一些帧，做优化后再用RDG（可以结合promolecular近似），那倒是可以。不过相对来说更建议用IGM，这样分析分子间作用的时候可以完全避免让分子内的也显示出来，看得清楚。
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）