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从头算动力学选择极小点结构是从势能曲线上，还是总能曲线上？

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18813078862

发布时间: 2020-4-7 14:20

正文摘要:

请问用Gauss跑从头算动力学(ADMP ),目的找最稳定的结构，应选择势能曲线上的极小点结构去优化，还是选择总能曲线上的极小点结构去优化？

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18813078862 发表于 Post on 2020-4-8 09:10:48

FETEYA 发表于 2020-4-7 15:55
总能量包括势能和动能，我们要找的一般是势能面上的极小值

好的，谢谢

18813078862 发表于 Post on 2020-4-8 09:09:16

sobereva 发表于 2020-4-8 07:06
虽然原理上应当选势能曲线上的极小点优化，但这种做法没多大意义，因为很可能曲线上较高的位置在优化后能收 ...

好的，谢谢卢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-4-8 07:06:16

虽然原理上应当选势能曲线上的极小点优化，但这种做法没多大意义，因为很可能曲线上较高的位置在优化后能收敛到能量更低的结构上去。
一般建议均匀取点进行优化。

另外，如果体系不是很小，靠ADMP来采样效率极低，一般建议这个过程用xtb做，参看
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

FETEYA 发表于 Post on 2020-4-7 15:55:48

总能量包括势能和动能，我们要找的一般是势能面上的极小值

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