一次性跑五个化合物单点计算耗时过长求助

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发布时间: 2020-4-8 10:45

大家好，想请教大家一个问题。最近因为疫情原因只能在家里用笔记本跑高斯。然后前天一次性跑了五个化合物（每个80原子左右），都只是做的b3lyp/6-31g*级别的单点计算而已，但是不知道为啥已经算了快30小时了还是这 ...

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Q-Chembio-llg 发表于 Post on 2020-4-9 09:20:33

sobereva 发表于 2020-4-9 07:12
一定要记住所有任务的并行核数总和不得超过CPU物理核数

如果机子有诸如36核，跑一堆主要纯靠CPU运算的任 ...

好的学到了，谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2020-4-9 07:12:45

一定要记住所有任务的并行核数总和不得超过CPU物理核数

如果机子有诸如36核，跑一堆主要纯靠CPU运算的任务（I/O不成为瓶颈），拆成3个12核同时跑往往有实际意义，能节约不少总时间。对于就两核的情况，计算拆成两个串行任务计算，也几乎不会令耗时有降低，还折腾。要搞清楚并行效率随核数变化的关系。

Q-Chembio-llg 发表于 Post on 2020-4-8 15:32:46

问题已解决，按照楼上大佬们的建议分开做了，快了很多，谢谢大家！

Q-Chembio-llg 发表于 Post on 2020-4-8 12:42:54

zjxitcc 发表于 2020-4-8 11:29
整体变慢，电脑卡死。

对，虽然还没有卡死但是的确是感觉每一个都慢了不少

zjxitcc 发表于 Post on 2020-4-8 11:29:03

Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-8 11:23
好的！谢谢您！原来这样一次性跑五个相当于是把计算能力平摊了对吧？

整体变慢，电脑卡死。

Q-Chembio-llg 发表于 Post on 2020-4-8 11:23:57

hebrewsnabla 发表于 2020-4-8 11:06
一次跑一个，每个用满两个核

好的！谢谢您！原来这样一次性跑五个相当于是把计算能力平摊了对吧？

hebrewsnabla 发表于 Post on 2020-4-8 11:06:10

一次跑一个，每个用满两个核

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