破晓时的曙光 发表于 2020-4-20 23:29
我的mdp是这个样子的：

define =

我想不出有什么其它可能。
gmx energy会把范德华作用、静电作用、成键项能量分别给出，都作图看看到底哪部分导致的不平滑

sobereva 发表于 2020-4-20 22:56
没实际结构、mdp文件不好说
如果是单个分子体系，应当用普通cutoff方式计算非键作用并且设置成无穷远距离 ...

我的mdp是这个样子的：

define =
integrator = md
dt         = 0.002   ; ps
nsteps     = 100000
comm-grps  = system
comm-mode  = Angular
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 500
compressed-x-grps  = system
;
pbc = no
nstlist = 0
rlist = 0
cutoff-scheme = group
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 0
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2
tc_grps = system
ref_t   = 298.15
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds

已经采用了简单cutoff的方法，还有可能有其他因素造成噪音吗？

没实际结构、mdp文件不好说
如果是单个分子体系，应当用普通cutoff方式计算非键作用并且设置成无穷远距离都考虑，免得因为截断、数值因素造成噪音。