求助：MCPB.py对于结晶水的处理问题

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发布时间: 2020-4-21 00:43

本帖最后由八月的雨季于 2020-4-21 00:51 编辑各位同仁，我有一个很大的疑惑。在采用MCPB.py构建酶金属位点的键合模型参数时，因为Mg2+与2个残基和4个水分子配位，按我的理解，这4个水分子是应该 ...

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命若回音_cxy 发表于 Post on 2024-9-10 15:57:47

student0618 发表于 2024-6-20 17:10
用tutorial的例子，在1OKL.in 文件naa_mol2files 加上水分子mol2即可，如：

您好，我想请问一下如果需要保存多个水分子的话，每个水分子都需要单独生成一个mol2文件吗？

student0618 发表于 Post on 2024-6-20 17:10:53

用tutorial的例子，在1OKL.in 文件naa_mol2files 加上水分子mol2即可，如：

复制代码

MCPB.py 跟這教程做自己system要記得檢查水分子兩顆氫的電荷，不留神電荷相差太大直接跑MD會出問題。

liu19950830 发表于 Post on 2024-5-20 19:19:15

请问楼主解决了吗？我也是用MCPB.PY，需要8个结晶水，但是处理不了。想请教一下怎么修改

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