sobereva 发表于 2020-4-27 01:39
这样不靠谱。
分子力场精度很低，其相对能量为0的那个，未必经过DFT进一步优化后一定能收敛到全局最小点 ...

知道了，感谢您

三三33 发表于 2020-4-26 10:37
老师，您好，我现在改画了小分子，并用molclus结合Gaussian做分子力场计算，团簇数目为20，已经计算结束 ...

这样不靠谱。
分子力场精度很低，其相对能量为0的那个，未必经过DFT进一步优化后一定能收敛到全局最小点
用更高精度方法refine的时候应当把低精度方法算出来的能量较低的一批都拿出来继续做

sobereva 发表于 2020-4-23 19:33
槽点太多了，计算方式太野蛮了

这种复合物优化直接用B3LYP等于往枪口上撞，完全是自寻死路。仔细看下文 ...

老师，您好，我现在改画了小分子，并用molclus结合Gaussian做分子力场计算，团簇数目为20，已经计算结束。如果想让molclus调用量子化学程序进一步优化，可以只把能量为0的那个拿出来进行优化吗

sobereva 发表于 2020-4-23 19:33
槽点太多了，计算方式太野蛮了

这种复合物优化直接用B3LYP等于往枪口上撞，完全是自寻死路。仔细看下文 ...

好的，谢谢老师了

槽点太多了，计算方式太野蛮了

这种复合物优化直接用B3LYP等于往枪口上撞，完全是自寻死路。仔细看下文补充弱相互作用最基本的常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

这么巨大体系在B3LYP/6-31G*下连极好的服务器都算不动，还指望Windows版Gaussian能算得动？这属于没有Gaussian基本计算常识。非要直接用这么大模型做优化，必须让molclus调用MOPAC或者xtb做。（调用Gaussian做考虑色散校正的半经验也可以，但效率低）

当前traj.xyz里就一个结构，拿molclus做毫无意义。如果你是想考察小分子在DNA什么地方什么方式结合比较稳定，起码得产生20个构型，而且必须在genmer里恰当设置参数，让小分子只出现在DNA的靠中间区域，避免有限长度的DNA模型的边界效应导致虚假的结果（你当前的这一帧里小分子太靠边了）。

我不晓得你的体系的细节，自旋多重度为2有极大嫌疑不合理。而且你的体系里DNA的骨架上的磷酸基都是质子解离状态，整体带巨量负电荷，总电荷怎么可能是0？而且整体带显著电荷的体系优化时必须带着隐式溶剂模型。

你的小分子上带的真的是硅元素么？

没事不要在opt里写cartesian，通常只会阻碍收敛


问题实在太多...感觉你的基础太欠缺了

看看高斯输出文件有无报错

700多个原子用DFT优化还是用Gaussian你确定算的动么？
这里没有理由用opt=Cartesian，用了只会降低算法的效率。