求助在npt时生成不了gro文件

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发布时间: 2020-4-23 17:25

在跑npt时遇到以下问题，请问如何解决以下是我的npt.mdp参数详情 title = NPT equilibration ; Start time and timestep in ps integrator = md nsteps = ...

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马天湉 发表于 Post on 2023-3-21 16:58:28

请问问题解决了吗？我也遇到同样的问题了请问该如何解决？

letty 发表于 Post on 2020-4-23 21:15:04

sobereva 发表于 2020-4-23 19:15
mdp不合理、拓扑信息不合理、参数不合理、初始结构差都可能导致，光从你提供的信息上没法判断，只能反复检 ...

谢谢老师的回复

sobereva 发表于 Post on 2020-4-23 19:15:24

mdp不合理、拓扑信息不合理、参数不合理、初始结构差都可能导致，光从你提供的信息上没法判断，只能反复检查。

单从mdp来说，建议用退火方式从0K缓慢升温，免得温度被快速拔上去造成不稳定。另外，如果体系还没平衡，不要用nose-hoover热浴和Parrinello-Rahman压浴。

mol 发表于 Post on 2020-4-23 17:57:06

segment fault感觉一般和模拟参数设置关系不大，lz可以检查下构型是否合理，或者换台机器跑跑

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