wgg1181543722 发表于 2021-6-22 22:35 你好，请问是什么原因呀，最终选择了哪个呀？ |
amani73986 发表于 2021-6-4 12:49 我是弄了半天，我自己整错了，你还是这个问题吗 |
| 楼主好，我也遇到了一样的问题，用gmx rdf计算出来的配位数总是偏小，请问找到原因了么。谢谢 |
liuyuje714 发表于 2020-4-24 15:44 是 很奇怪，峰的高度不一样，但最高峰的位置是一致的。因为太大了，我选取的是最后30ns，帧数有点少，所以 不是很光滑 |
wgg1181543722 发表于 2020-4-24 15:25 看起来是那个峰高不一致导致的结果不同。我看你这rdf很粗糙啊，体系平衡好了么？帧数足够么？ |
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本帖最后由 liuyuje714 于 2020-4-24 15:09 编辑 你确定你的gmx定义的index弄对了吗？CNT中的水分子你最好用gmx select -on进行选择，并且查看输出的index.ndx中不同时刻的水分子OW编号是否没有变过，即一直在CNT中。还有你说的5或者6是怎么计算得到的也要说一下，因为gmx和vmd好像并没有直接给出配位数是多少。我测试了一下CNT中的水，用gmx和vmd计算得到的一致。 |
本帖最后由 wgg1181543722 于 2020-4-24 13:44 编辑 sobereva 发表于 2020-4-24 04:17 老师 我选取的这部分区域 是密封的，CNT内的水分子与钙是不会从里面出来的。这两个选取的区域 不都是动态的吗 怎么看静态 动态 |
sobereva 发表于 2020-4-24 04:17 我算的是浸在水中的CNT中的水分子与钙离子，选取的组分都是一样的。我算了CA-OW，CL-OW，CA-CL，OW-OW四种相互作用，刚才对比了一下算出来的结果，rdf是完全重合的，唯一的不同，就是配位数，vmd算出来的要比gmx算出来的大一些。 |
liuyuje714 发表于 2020-4-24 09:23 额 请问一下。两种算法，我都选取的是相同的物质，怎么不一样了？ |
| 这明显算的不相同。 |
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没具体信息不好说。VMD里你用了动态选区，而gmx rdf你用的是静态选区，考虑这个是否真的能对应上 并且尝试把rdf曲线图作出来进行对比来分析原因 |
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