本帖最后由 cokie 于 2024-12-2 12:50 编辑 nakanosora 发表于 2024-12-2 11:27 在当下构象搜索程序多种多样的环境下，不建议再按李老师这层的回帖的方法来找，如下方法更方便： 1. （使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索）http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9%CF%F3%CB%D1%CB%F7 这是我对于小分子构象搜索最推荐的方法，快、全（而且看着xTB刷刷刷的一个任务一个任务走过去的感觉很爽）； 2. （gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具）http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9%CF%F3%CB%D1%CB%F7 做SP3碳柔性链很方便； 3. （脚本分享：sobtop联合Gromacs对天然产物进行分子动力学构象搜索）http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9%CF%F3%CB%D1%CB%F7 会Gmx的话用这个也很轻松； 4. （ABCluster 3.0发布！各种团簇+构象搜索+内置xTB+...）http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9%CF%F3%CB%D1%CB%F7，很全面，学习成本不算高。 5. （使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索）http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9%CF%F3%CB%D1%CB%F7 一篇综合性的molclus的文，需要结合各种手段如gmx, xTB, genmer, gentor等等，可以当一篇小“综述”来看。 除上述我常用的方法外，其他程序还有CREST，Confab、Frog2、Amber等等可以做构象搜索的程序，还有从头算动力学（AIMD）等可以在Gaussian、ORCA、CP2K等量化/第一性原理程序实现的构象搜索计算方法。 如果着急用，且是单分子构象搜索，个人体验下来 建议从 方法1 或 2 入手。 |
liyuanhe211 发表于 2015-9-11 12:23 老师，我这边尝试用这个软件寻找构象，他要找188956个，这个要的时间也太久了，必须要全部结束吗 |
| 学习了 |
新时代农民工 发表于 2021-2-24 10:52 需要 |
| 构象搜索需要考虑溶剂影响么？ |
| 请教，spartan输出的sdf文件不带能量值，只有坐标，请问怎么让他向文件里写入能量值？ |
| 请教一个问题，用spartan怎么导出多帧的.xyz文件呢，直接save as好像只有1帧 |
liyuanhe211 发表于 2015-9-11 12:23 老师，像那种多环的分子。软件默认的torsions键只有链上的一些键，那我环上的键还需要设置torsions吗？链上和环上的fold分别应该设为多少呢？还有就是结构中有些原子上出现一个黄色的圈圈，这代表什么意思呢？麻烦老师了，问题有点多 |
381911577 发表于 2020-5-8 23:27 取决于具体用什么级别 如果是力场的话，精度太烂，根本没有可信度 该如何靠谱地算构象分布比例，参考 gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html |
liyuanhe211 发表于 2015-9-11 12:23 老师您好，spartan搜索的波兹曼分布比例可以直接用来计算NMR的波兹曼加权吗？ |
sobereva 发表于 2020-3-11 12:14 明白了，sob老师，谢谢。 |
柠檬甜死啦 发表于 2020-3-9 12:08 我博文里已经说了，分子力场对于搜索这种柔性极高的最稳定构象几乎没有用，这里不是说计算量问题，关键是因为分子力场根本做不到那个精度，根本无法正确区分能量最低几种构象的相对能量次序，甚至真实的能量最低结构用分子力场都优化不出对应的极小点结构。你们老师的观念也该刷新了。 |
sobereva 发表于 2020-3-9 08:00 好的，谢谢sob老师。您的这个程序我有看。tinker是我们老师一直给我们推崇的。实验室已经搭建了tinker的平台，可以直接拿来用，我上次用它来搜索瑞德西韦的构象，结果给我了6万多个，还没有停下来  。我觉得很有必要学习一下老师的这个程序。 |
柠檬甜死啦 发表于 2020-3-8 16:06 用tinker麻烦死了 有现成和构象搜索程序干嘛不用，看：http://www.keinsci.com/research/molclus.html |
liyuanhe211 发表于 2015-12-31 12:15 老师，我想请教一下，我做蛋白分子对接，那我的小分子可以用tinker和Gaussian做构象搜索和能量优化吗？ |
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