sobereva 发表于 2020-5-15 23:55
没必要去算单点，我博文里说了，范德华势是基于力场的，只依赖于结构进行计算。直接提取主体分子坐标就够 ...

好的，谢谢sob老师的解答

xiaos 发表于 2020-5-15 09:56
谢谢sob老师的解答。我是想要分析被包夹物与主体分子间的作用，请问若按如下步骤操作是否合理：
1）从优 ...

没必要去算单点，我博文里说了，范德华势是基于力场的，只依赖于结构进行计算。直接提取主体分子坐标就够了

sobereva 发表于 2020-5-14 15:51
我不清楚你的分析目的，如果你是要分析被包夹物与主体分子的作用，应当直接对主体分子进行分析。如果你要 ...

谢谢sob老师的解答。我是想要分析被包夹物与主体分子间的作用，请问若按如下步骤操作是否合理：
1）从优化后的复合物分子中提取主体分子的坐标，添加关键词nosymm计算单点，获得含有波函数信息的fchk文件
2）再参照http://sobereva.com/551中的步骤分析和计算范德华势

xiaos 发表于 2020-5-13 13:45
sob老师您好，在包夹复合物体系中，如果要对其进行范德华势进行分析，请问应该如何进行？是否需要向复合物 ...

我不清楚你的分析目的，如果你是要分析被包夹物与主体分子的作用，应当直接对主体分子进行分析。如果你要分析这个复合物对另外再加入的分子的作用，则用当前复合物来分析。
“加入探针原子进行结构优化或分子动力学模拟”这是没意义的

sob老师您好，在包夹复合物体系中，如果要对其进行范德华势进行分析，请问应该如何进行？是否需要向复合物中加入探针原子进行结构优化或分子动力学模拟后，再将输出的结构文件进行分析？

xsimma 发表于 2020-5-4 05:48
这是一篇很有意义的文章，因为很少人从范德华势去分析体系中的相关的作用，但实际上它的作用是非常大的。
...

可以看原文里关于范德华势的思想说明
基于分子力场的形式计算非键相互作用，不涉及到做积分。在力场的框架下，范德华势也和电子密度没有直接关系（在比如DFT-D4、XDM、vdW-DF等色散校正方法里面，才与这个有关）
静电势的定义是把静电相互作用能公式里面的另一方当做单位点电荷，范德华势是把范德华相互作用能公式里的另一方当做一个特定类型的原子，这样就不需要考虑另一方的具体形态了，就只取决于当前体系的特征了。

这是一篇很有意义的文章，因为很少人从范德华势去分析体系中的相关的作用，但实际上它的作用是非常大的。
但是我有一个疑问关于范德华势的定义。
因为定义范德华势相比于静电势，是不太容易准确定义。
个人认为，范德华势应该要准从，int[V_vdW(r) * charge density (r)] --> 范德华能。
静电势是遵循这个定义的，不管是离散的还是连续的情况。
但文中提出的公式看似不符合这个关系。所以我很好奇文中的定义是从何来，背后是否有潜在的物理意义。