求助：关于MD模拟中共价键constraint设置的疑惑

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发布时间: 2020-5-10 10:54

我在gromacs中正常都是如下设置的，我记得sob老师在回复之前帖子时也提到正常跑MD时用h-bonds就可以了； constraint_algorithm = lincs ; constraints & ...

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dinghongming 发表于 Post on 2020-5-10 11:17:49

sobereva 发表于 2020-5-10 10:57
文章里说的就是只对与氢有关的共价键进行约束，和constraints = h-bonds 是同一个意思
AMBER ...

谢谢sob老师，是我理解错了~

niobium 发表于 Post on 2020-5-10 10:59:09

标题疑似敏感词

参与人数 Participants 1	eV +2	收起理由 Reason
海市	+ 2	哈哈哈角度刁钻

sobereva 发表于 Post on 2020-5-10 10:57:30

文章里说的就是只对与氢有关的共价键进行约束，和constraints = h-bonds 是同一个意思
AMBER里没有更好的LINCS，所以用的SHAKE。在约束效果上并没明显差别，只不过LINCS效率更高、更适合并行化而已。

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