Gromacs如何计算同组分子内的相互作用能？

查看数: 18346 | 评论数: 9 | 收藏 Add to favorites 9

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2020-5-17 21:46

本帖最后由 yuancheng 于 2020-5-17 23:02 编辑作为一名初学者，目前刚学会了gmx mdrun方法计算两个不同能量组之间的相互作用能，即如图所示*ndx中a与b之间的。 gmx energy命令后选取：21 Coul-SR:a-b、22 LJ ...

回复 Reply

wanzongliang 发表于 Post on 2025-11-5 14:45:57

小熊的立可白发表于 2025-10-25 16:50
你好，请问这个问题解决了吗？我也是在溶液环境中，整体带正电的离子组分的Coul-SR 、 LJ-SR 都是负值， ...

我没有找到这个问题的原因，我自己写了分析脚本计算电荷之间的相互作用得到的结果是预想的结果

小熊的立可白 发表于 Post on 2025-10-25 16:50:27

wanzongliang 发表于 2025-9-13 10:59
请问sob老师这个实空间是考虑到组分和其周围环境的影响吗，因为我计算的离子液体，计算组分内正离子之间 ...

你好，请问这个问题解决了吗？我也是在溶液环境中，整体带正电的离子组分的Coul-SR 、 LJ-SR 都是负值，这是正常的吗？

wanzongliang 发表于 Post on 2025-9-15 08:42:15

sobereva 发表于 2025-9-13 23:42
Ewald及其变体诸如PME，算的静电作用是考虑到无穷远距离的，是实空间部分和倒易空间部分之和，只有实空间 ...

好的感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2025-9-13 23:42:27

wanzongliang 发表于 2025-9-13 10:59
请问sob老师这个实空间是考虑到组分和其周围环境的影响吗，因为我计算的离子液体，计算组分内正离子之间 ...

Ewald及其变体诸如PME，算的静电作用是考虑到无穷远距离的，是实空间部分和倒易空间部分之和，只有实空间部分才能做组的分解。“实空间”和“周围环境”概念上没直接联系

wanzongliang 发表于 Post on 2025-9-13 10:59:00

sobereva 发表于 2020-5-17 23:59
Coul-SR:a-a 和LJ-SR:a-a就是a组内的实空间计算的库仑作用和范德华作用，分子内和分子间的非键作用都包括
...

请问sob老师这个实空间是考虑到组分和其周围环境的影响吗，因为我计算的离子液体，计算组分内正离子之间的相互作用出现了负值的情况，不知道这是不是有可能出现的情况？

分子动力学初学 发表于 Post on 2022-9-26 08:07:29

学姐好，我想问下有AB的能量文件和A和B各自的能量文件，怎用使用gmx mdrun方法计算两个不同能量组之间的相互作用能啊，谢谢啦！

sobereva 发表于 Post on 2021-9-8 06:15:07

lyj980317 发表于 2021-8-25 16:19
请问您的问题解决了吗？我也遇到了相同的问题。如果挨个建索引，工作内容太大了

看此文了解点脚本编写常识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

lyj980317 发表于 Post on 2021-8-25 16:19:25

请问您的问题解决了吗？我也遇到了相同的问题。如果挨个建索引，工作内容太大了

sobereva 发表于 Post on 2020-5-17 23:59:12

Coul-SR:a-a 和LJ-SR:a-a就是a组内的实空间计算的库仑作用和范德华作用，分子内和分子间的非键作用都包括

做MD的不会写脚本寸步难行，不会就赶紧学

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register