peter123 发表于 2025-5-7 15:51
想请教一下老师，我目前在进行溶液中150个原子的有机分子笼和酸根阴离子体系的弱相互作用（C-H...O氢键）分 ...

已经解决了，我把路径前后的双引号删除了以后就可以分析了

想请教一下老师，我目前在进行溶液中150个原子的有机分子笼和酸根阴离子体系的弱相互作用（C-H...O氢键）分析。我这个有机笼是柔性体系，因此酸根和有机笼结合时，有机笼必然会发生整体的变形。我目前需要搜索酸根在有机笼空腔的结合位点，同时我也要搜索有机笼和酸根结合后最稳定的构象。我参考您那个瑞德西韦的教程来跑我这个结构的动力学，最后选出了6个结构。我现在按照您帖子里的例子，如图2所示，将6个结构的几何优化+振动分析输出文件和高精度单点能，写在了一个list.txt文件里面.但是我把list.txt载入shermo里面的时候，如图1所示，shermo却提示找不到文件，可是我那个文件明明就在那里，请问是怎么回事呢？

wilely 发表于 2024-10-12 15:07
我想计算质谱测试时复合物形成的热力学量，是在473k，真空下，我校正时压强P=0可以算吗？

压力不可能设0，此时没法算平动对热力学量的贡献，看Shermo手册附录里的计算公式便知

我想计算质谱测试时复合物形成的热力学量，是在473k，真空下，我校正时压强P=0可以算吗？

wzkchem5 发表于 2024-6-26 18:59
你知道你电脑上的Shermo装在哪个文件夹吗？
你会用资源管理器找这个文件夹底下有没有settings.ini吗？
...

好的，谢谢！！！

daanyueluo 发表于 2024-6-26 05:53
麻烦问一下sob老师，文中“值得一提的是，Shermo的settings.ini里有个imode设置，如果设为1，则平动和转动 ...

你知道你电脑上的Shermo装在哪个文件夹吗？
你会用资源管理器找这个文件夹底下有没有settings.ini吗？
你会右键用记事本打开settings.ini吗？
你会找到有imode的那行，然后把那行的数字改成1，然后保存吗？
这些你不可能不会，这就是为什么博文没有给例子，因为不需要给例子就知道怎么做。该改哪个文件的哪一行都告诉你了，难道还要告诉你怎么用资源管理器，怎么用记事本打开文件？

麻烦问一下sob老师，文中“值得一提的是，Shermo的settings.ini里有个imode设置，如果设为1，则平动和转动对热力学量的贡献会被忽略，这适合用于计算固体、表面、被吸附分子的热力学量，因为它们没有整体的平动和转动。”和“对柔性分子、弱相互作用团簇等含有低频的体系可以得到明显更合理的结果！！！”。这两句话有没有相关例子，不太明白怎么计算，我想算一些气相分子在SiC簇模型上的吸附热力学数据和速率常数相关内容，用Shermo能不能算。还是用另一篇文章里写的用Polyrate计算，Polyrate好像可以计算双分子和单分子反应，气相，固态，气-固界面反应。麻烦sob老师解惑@sobereva

喵星大佬 发表于 2024-2-26 21:27
用gaussian挂着orca振动分析的gaussian的.out文件也可以直接正常用来算热力学校正量么

没测试过，原理上可以

用gaussian挂着orca振动分析的gaussian的.out文件也可以直接正常用来算热力学校正量么

Shermo 2.6发布，已支持读取xtb输出的文件计算热力学量
http://bbs.keinsci.com/thread-43125-1-1.html

sobereva 发表于 2023-12-27 01:19
是

好的，谢谢老师

MercuryLamp 发表于 2023-12-26 16:27
老师有个小问题请教一下，在使用您《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》中完整的Skodje-Truhlar ...

是

老师有个小问题请教一下，在使用您《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》中完整的Skodje-Truhlar方法计算透射系数时需要反应的正向势垒，即TS减去反应物的U(0)，但如果用Shermo计算热力学量时参数ilowfreq=3，此时没法输出U(0)，是不是就不能用完整的Skodje-Truhlar方法了？或者说要用完整的Skodje-Truhlar方法的话是不是应该用ilowfreq=2呢？

黑色桃花 发表于 2023-9-15 17:21
卢老师，在4.1中计算单点能为什么用CCSD(T)/cc-pVTZ而不用热力学组合方法G4MP2-6X呢，这两个区别在哪呢，或 ...

当前演示的是Shermo的使用，Shermo不支持处理热力学组合方法的输出文件，单独的第三方脚本的输出文件更不支持处理其输出

对于G4MP2-6X算得动的范畴内，其结果比按此文基于CCSD(T)/cc-pVTZ算的结果大概率更好，因为当前只用了一个不很大的基组而已，都没做基组外推（如果文中的基组改用cc-pVQZ，结果就能很好）。
另外，如果算自由能，而且碰到含显著低频的体系，G4(MP2)-6X大概率也不怎么样，因为其用的RRHO模型算的熵的合理性明显不及Shermo基于QRRHO算的