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求助amber新手聚类分析结果表示什么含义

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任嘉人amber

发布时间: 2020-5-24 21:36

正文摘要:

请问老师，amber中cpptraj，运行如下命令之后，cluster c1 kmeans clusters 3 randompointmaxit 500 rms sieve 10 random out cnumvtime.dat summary summary.dat infoinfo.dat cpopvtime cpopvtime.agr normframe r ...

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任嘉人amber 发表于 Post on 2020-5-26 13:26:07

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-5-25 02:06:56

看看归簇算法的介绍就明白了。诸如Molecular modelling Principles and applications 2ed (Leach A.R.)就有不少介绍
在当前语境下，dist是通过RMSD来衡量的。诸如AvgDist就是体现这个簇里的结构之间平均的RMSD，第一个红圈里体现的是簇里面各帧相对于中间结构的平均RMSD

你在http://bbs.keinsci.com/thread-17587-1-1.html里问的问题也是，只要你了解算法的具体原理，自然就明白了。

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