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求助,跑GaMD时蛋白结构发生变化

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发布时间: 2020-5-27 18:24

正文摘要:

请问老师&各位大神,我在amber里运行完平衡后结构合理,继续跑了50ns的GaMD equilibration,然后运行了一段100ns的GaMD。发现蛋白的胞外结构发生了变化,本来有一段α螺旋变成了无规则的卷曲……如图, 初始 ...

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Christ 发表于 Post on 2023-12-15 13:09:22
我不了解你的体系,但是如果出现这种变构,我感觉可以单独写一段讨论一下

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