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计算大体系cluster时SCF非常慢

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发布时间: 2020-6-2 13:43

正文摘要:

各位老师你们好! 我从晶体中抠出了几个分子,作为一个cluster,在gaussian中计算它的单点能。 cluster一共约200个原子,包含C、H、O、N和S,输入文件命令行为: #p B3LYP/6-311+g(d) em=gd3计算过程中发现及其慢 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-6-12 00:01:40
Peter_zhong 发表于 2020-6-11 11:33
老师 我根据您的建议 尝试了博文以下两种方式:1、尝试opt=gdiis (优化快200步也是类似下图这种情况,被我 ...

recalc=3,maxstep=3再试

优化分子团簇就是非常折腾,得仔细看观看结构的震荡情况判断最佳做法,不是光看个曲线就能说清楚的。也可以试试opt=cartesian(此时需要去掉GDIIS)

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Peter_zhong 发表于 Post on 2020-6-11 11:33:46
本帖最后由 Peter_zhong 于 2020-6-11 11:36 编辑
sobereva 发表于 2020-6-3 21:06
这体现当前机子对当前体系用这个级别优化算得动
继续跑,如果再跑50轮,收敛趋势不明朗,加上帮助收敛的 ...
老师 我根据您的建议 尝试了博文以下两种方式:1、尝试opt=gdiis (优化快200步也是类似下图这种情况,被我停止了)
2、尝试opt(gdiis,maxstep=x,notrust),x为3~5 (如下图,取上面的输出最后一帧算的,#p opt(gdiis,maxstep=5,notrust) b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3

目前目前收敛判据那还是4个 NO,是不是我的初始结构不合理,还是其他原因?还要继续算下去吗?(之后要做振动分析 loose就不考虑了)


9gv.png (239.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

9gv.png
sobereva 发表于 Post on 2020-6-3 21:06:32
Peter_zhong 发表于 2020-6-2 16:17
谢谢,刚漏打了,我是加了D3的,opt B3LYP/6-311g(d,p)  em=gd3优化。9分子团簇,约200原子,只含、C、H ...

这体现当前机子对当前体系用这个级别优化算得动
继续跑,如果再跑50轮,收敛趋势不明朗,加上帮助收敛的关键词,诸如GDIIS之类的,此文说了:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

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chemhou 发表于 Post on 2020-6-3 02:52:09
这么大的体系用2-zeta基组基本就可以了
tiandikuoyuan 发表于 Post on 2020-6-2 20:30:22
先用xtb优化一下,再用Gaussian优化,加弥散之后计算非常慢。
投机取巧应该没有问题,大不了先用g16 (g09default)优化一下再用G09跑一下
Peter_zhong 发表于 Post on 2020-6-2 16:45:02
本帖最后由 Peter_zhong 于 2020-6-3 19:36 编辑

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 150 才可浏览,您当前积分为 0
snljty 发表于 Post on 2020-6-2 16:44:47
Peter_zhong 发表于 2020-6-2 16:17
谢谢,刚漏打了,我是加了D3的。9分子团簇,约200原子,只含、C、H、O,电脑36核+94G运行内存,Linux g09 ...

不是说“加了D3”,是说D3常见的有两种,D3(0)和D3(BJ),括号代表阻尼类型,Gaussian里前者用EmpiricalDispersion=GD3,后者用EmpiricalDispersion=GD3BJ,不一样的。
abin 发表于 Post on 2020-6-2 16:35:03
Peter_zhong 发表于 2020-6-2 16:17
谢谢,刚漏打了,我是加了D3的。9分子团簇,约200原子,只含、C、H、O,电脑36核+94G运行内存,Linux g09 ...

G09系列,
最佳并行效率是12~16核心计算,核心再多,算得可能更慢哦。

换用G16  使用所有核心,可能效果不错。
Peter_zhong 发表于 Post on 2020-6-2 16:19:51
niobium 发表于 2020-6-2 15:15
要看多少基函数啊,还有你服务器什么样的配置啊

谢谢,详细信息已经补全到下方。
Peter_zhong 发表于 Post on 2020-6-2 16:17:49
本帖最后由 Peter_zhong 于 2020-6-2 22:36 编辑
snljty 发表于 2020-6-2 15:30
你们这不是一个问题啊,你这个还有几何优化的问题,得看你算的是什么结构,普通分子和团簇几何优化收敛需 ...

谢谢,刚漏打了,我是加了D3的,opt B3LYP/6-311g(d,p)  em=gd3优化。9分子团簇,约200原子,只含、C、H、O,电脑36核+94G运行内存,Linux g09d下算,目的就是 优化+算频率。目前优化了100多步,算上中途二面角成180度报错,总共优化了2百多步了。不知道怎么看每一轮SCF多长时间,望指导。每次任务正常结束,最后那几行给出的时间都是错误的。我目前观察到一天可以优化60-80步左右。希望大佬有空帮回答一下,不胜感激~刚看了一下目前的优化状况截图如下:


QQ图片20200602163331.png (113.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

QQ图片20200602163331.png
snljty 发表于 Post on 2020-6-2 15:30:10
Peter_zhong 发表于 2020-6-2 15:09
这描述和我最近一模一样啊 不过我是用B3LYP/6-311g(d,p)  em=gd3优化,优化了好几天了 不知道有没有戏 , ...

你们这不是一个问题啊,你这个还有几何优化的问题,得看你算的是什么结构,普通分子和团簇几何优化收敛需要的步数差别极大。最好说一下你有什么电脑配置,大概是多少个原子的体系,大概什么样的体系,优化了多少步,优化目前收敛情况怎么样,每一轮SCF多长时间。
snljty 发表于 Post on 2020-6-2 15:28:21
Peter_zhong 发表于 2020-6-2 15:09
这描述和我最近一模一样啊 不过我是用B3LYP/6-311g(d,p)  em=gd3优化,优化了好几天了 不知道有没有戏 , ...

给4L顺便给楼主回复一下,只要不是G09 E.01之前版本的Gaussian要算频率,通常不对B3LYP用0阻尼的D3,一般用BJ阻尼的。
niobium 发表于 Post on 2020-6-2 15:15:11
Peter_zhong 发表于 2020-6-2 15:09
这描述和我最近一模一样啊 不过我是用B3LYP/6-311g(d,p)  em=gd3优化,优化了好几天了 不知道有没有戏 , ...

要看多少基函数啊,还有你服务器什么样的配置啊
Peter_zhong 发表于 Post on 2020-6-2 15:09:39
本帖最后由 Peter_zhong 于 2020-6-11 11:34 编辑

这描述和我最近一模一样啊 不过我是用B3LYP/6-311g(d,p)  em=gd3优化,优化了好几天了 不知道有没有戏 ,没出现像你这种这么严重的震荡。我是否该杀了进程,学习一下orca,按照社长说的做?各位大佬有什么建议吗?

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