JCenter 发表于 2025-10-15 22:19 s是路径反应坐标，可以理解为反应进度 |
fhh2626 发表于 2025-9-23 17:48 付老师，我想问的就是您这个帖子中的图中的横坐标s,是否用的欧拉距离啊 |
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JCenter 发表于 2025-9-19 22:39 没有懂你这个问题... |
| 付老师，这里提供的右下角的MEP图,横坐标是用的欧式距离作为反应坐标吗 |
fhh2626 发表于 2025-6-27 20:06 非常感谢 |
zhonghaoxuan 发表于 2025-6-23 10:48 这是你提供的自由能面的精度决定的，你可以做一个插值或者平滑 |
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老师您好，跟您请教一下，使用MULE的时候，我生成的反应路径上只有70个数据点，能量也只有70个，请问如何设置CONFIG文件可以使数据点更多呢 |
gehan 发表于 2024-4-18 10:48 你知道极值点就知道CVs了，就可以去轨迹里筛选结构 |
fhh2626 发表于 2024-4-18 10:15 再次感谢，那请问是怎么根据势能面上极值点的信息，定位到MD轨迹文件中的哪一帧结构呢，是根据极值点的对应的CV1和CV2，然后去fes.dat,或者该文章中的.pmf文件中找到对应的值，然后在该文件中找到对应的帧数吗。还是说是自己看MD轨迹动画去找到想要极值点结构呢。 |
gehan 发表于 2024-4-18 10:01 横坐标就是0-1自己插值 MD会输出轨迹文件啊，在轨迹文件里面找 |
fhh2626 发表于 2024-4-16 14:22 谢谢您的回答，但是我使用MULE生成了.energy文件里是只有一列能量的数值，没有横坐标哎，不知道怎么设置路径为坐标。还有一个问题，请问有没有什么办法，找到势能面中的极小值点以及过渡态的位置后，怎么才能找到对应的结构呢？ |
gehan 发表于 2024-4-16 10:12 origin可以添加图层，添加一个图层画散点图就行了 右下角的图是以路径为坐标，如果你用的MULE的话会直接输出这个文件 |
| 请问楼主，左上，左下和右上三个图是怎么绘制出的，二维等值面可以使用origin生成，图中的黑色路径的线是怎么在图中显示出来的，还有就右下的自由能变化曲线的横坐标是取什么为变量的呢？谢谢 |
mz121 发表于 2024-1-26 13:35 你的dat/pmf文件是等间隔的吗，你看看例子中的文件，弄成一样的格式应该就行 |
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