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请问下怎么加counterions

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yayaishaha

发布时间: 2020-6-5 08:56

正文摘要:

这是我用gview优化的，两边的中心原子都是Ru2+。教授让我加counterions，不然中间的碳链会一直是反式的。准备用溴离子平衡电荷，想请问下，我可以直接在旁边加四个溴原子吗？然后在设定的时候把总电荷设为1. 那么自 ...

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yayaishaha 发表于 Post on 2020-6-5 10:23:31

sobereva 发表于 2020-6-5 10:10
如果实际体系是在溶剂环境下的，可以不加抗衡离子，带着溶剂模型算就完了，溶剂效应会极大地屏蔽那两个位点 ...

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-6-5 10:10:50

如果实际体系是在溶剂环境下的，可以不加抗衡离子，带着溶剂模型算就完了，溶剂效应会极大地屏蔽那两个位点之间的静电互斥，更何况二者距离还很远，不会有自发的远离的趋势。
如果死活非要加抗衡离子，可以用Multiwfn+VMD绘制的分子表面静电势图（http://sobereva.com/443），然后把适当数目的阴离子放到静电势最正的地方，让整体净电荷为0，之后优化结构

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