呆宝可乐 发表于 2020-6-6 11:12
先谢谢社长。
1.怎么样用这个命令去处理轨迹的靠后部分呢？我的Production run直接跑了100ns,
2.那常数 ...

1 trjconv加上-b和-e可以指定处理的轨迹范围。详见自带的帮助

2 常数越小，热浴/压浴越强，波动越不明显，但也因此越不能体现实际中应有的微观涨落

3 这是要求让特定的group在轨迹里保持完整，避免因为PBC方式记录轨迹导致某个group被盒子边界分离，影响观看和分析

sobereva 发表于 2020-6-6 09:47
1 如果一开始离子液体是分散的，到后来才聚集到一起，用这个命令去处理轨迹的靠后部分，看能否得到聚集的离 ...

先谢谢社长。
1.怎么样用这个命令去处理轨迹的靠后部分呢？我的Production run直接跑了100ns,
2.那常数越大，热浴和压浴的强度越强，波动程度也是越大的，是这样的一个关系吗？
3.再顺带提一个疑问，处理微乳液反胶束体系的时候，“trjconv -pbc cluster"这个选项会让胶束聚集的更好么？因为我看我的体系聚集的不是很好，时散时聚，我尝试过用这个选项，看到一直在迭代，结束之后看组装情况也没有较好的改善，那请教这个 -pbc cluster有什么意义呢？

1 如果一开始离子液体是分散的，到后来才聚集到一起，用这个命令去处理轨迹的靠后部分，看能否得到聚集的离子液体一直在盒子中央的轨迹

2 若无特殊目的不要改fourierspacing。
耦合常数影响热浴和压浴的强度，也因此影响温度和压力的调节速度、波动程度