如果你不跑动力学，只计算作用的结构，性质的话，比如构型，轨道，光谱，那是需要做结构优化的，如果你要研究相互作用的稳定性，那最好还是做动力学计算，看看体系的作用在温度，压力等情况下随时间的稳定性。
刚开始计算的话，体系最好不要太大，计算熟悉了以后，可以慢慢加大体系。还是要多看看其它的文章，像群主说的那样。

那叫计算MD，不叫测MD

染料连接二氧化钛上的文章多了去了，看文中的结构都是怎么摆的。gview等就可以建模。
非常重要的是，不管研究什么，都绝对不要只看、只效仿一篇文章，否则会被一叶障目，而不知道一般情况、大多数人都是怎么做的。
具体怎么做看你具体想研究什么，跑MD在这类体系的研究文章中的是极少数。不仅耗时很高，也未必能得到你感兴趣的信息。诸如你要研究激发态、电子转移，通常都是Gaussian等量化程序基于簇模型来做，并结合Multiwfn做波函数分析表征电子激发过程的电荷转移。

由于这种体系直接摆出来结构可能明显不理想，跑MD前最好进行优化。