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lammps模拟NVT系综下辛烷在二氧化硅表面的吸附求助

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发布时间: 2020-6-7 07:53

正文摘要:

图1是一个用MS导出来的模型。最下边是二氧化硅,上边是辛烷,最上边是MS中加的3纳米的真空层。我想用lammps实现NVT系综下辛烷在二氧化硅表面的吸附。遇到的问题:1、在模拟过程中,二氧化硅层如何固定?同时保证参与 ...

回复 Reply

Decay 发表于 Post on 2022-7-4 22:52:31
求个in文件万分感谢
moluren 发表于 Post on 2022-5-1 21:21:31
请教楼主我也在练习气体吸附在硅基质中,但是设置参数时,有写参数不知改如何设置,能否请楼主分享一下自己的in文件,学习一下呢,在此谢过了
WB1040720479 发表于 Post on 2022-1-20 21:47:06
Lacrimosa 发表于 2022-1-13 21:24
表面层原子的化学环境和体相本身就不同,结构不一样很正常。很多力场开发者已经考虑到了这个问题,所以由 ...

我目前是切平面后构建layer直接sorption的。如果需要通过力场来决定表面结构,只需要几何优化嘛还是需要NVT跑MD?
Lacrimosa 发表于 Post on 2022-1-13 21:24:27
WB1040720479 发表于 2022-1-12 16:14
就是在MS的sorption中是否将基底完全固定对结果没有什么影响,不知道在lammps是否一样;然后如果一般表面 ...

表面层原子的化学环境和体相本身就不同,结构不一样很正常。很多力场开发者已经考虑到了这个问题,所以由力场参数去决定表面结构更合理。在水-黏土的界面研究中就出现过类似的问题,旧力场参数未考虑到表面羟基的柔性,导致水在表面的分布不合理,文章标题我记不清了,应该是Cygan.R.T的某篇文章里提到的。至于是否会减小吸附量没法直接判断。
WB1040720479 发表于 Post on 2022-1-12 16:14:59
Lacrimosa 发表于 2022-1-6 13:14
如果你指的是将整个二氧化硅完全固定,那就不合理。如果只固定非表面层的部分是可以接受的,但有这么做的 ...

就是在MS的sorption中是否将基底完全固定对结果没有什么影响,不知道在lammps是否一样;然后如果一般表面层不固定做结构优化后原子分布会发生变化,能量降低,这个操作应该会减小原子的吸附量吧?实际吸附过程吸附质不影响表面原子分布吧?
Lacrimosa 发表于 Post on 2022-1-6 13:14:34
WB1040720479 发表于 2022-1-4 14:04
请问您一下,如果我将基底完全固定,然后再吸附这样设置合理吗?

如果你指的是将整个二氧化硅完全固定,那就不合理。如果只固定非表面层的部分是可以接受的,但有这么做的必要吗?
Lacrimosa 发表于 Post on 2022-1-6 13:11:39
WB1040720479 发表于 2022-1-4 14:03
请问一下靠近表面的辛烷会出现密度大于其余部分的情况嘛?

会,界面处辛烷的密度分布可能会出现两个峰(沿垂直于界面方向)
WB1040720479 发表于 Post on 2022-1-4 14:04:02
Lacrimosa 发表于 2020-6-11 10:46
为什么要固定二氧化硅呢?力场参数合理的情况下一般不会有很大的变化的

请问您一下,如果我将基底完全固定,然后再吸附这样设置合理吗?
WB1040720479 发表于 Post on 2022-1-4 14:03:21
请问一下靠近表面的辛烷会出现密度大于其余部分的情况嘛?
WB1040720479 发表于 Post on 2022-1-4 14:03:16
请问一下靠近表面的辛烷会出现密度大于其余部分的情况嘛?
张凤翔 发表于 Post on 2021-1-6 11:07:53
li447fan 发表于 2020-11-16 21:55
请问气相和液相是如何设定的呢

你好,气相和液相设置解决了吗?
li447fan 发表于 Post on 2020-11-16 21:55:20
k64_cc 发表于 2020-6-9 12:03
你辛烷是气相还是液相?气相的话,放那么多干啥?液相的话,哪有吸附过程?

请问气相和液相是如何设定的呢
k64_cc 发表于 Post on 2020-6-11 11:20:16
shun 发表于 2020-6-10 15:54
液相,我可能没有表达清楚,我说的吸附就是,液相的辛烷在二氧化硅表面的铺展过程,不管怎么说吧,也不能 ...

NVT是平衡态采样,有热浴影响,会干扰你想看到的“铺展过程”。你可以考虑把液相的slab和固相的SiO2分别平衡,然后放在一个box里跑NVE。在这种方案下,如果有得选,垂直于界面的方向还是别用PBC为好。
Lacrimosa 发表于 Post on 2020-6-11 10:46:22
shun 发表于 2020-6-11 09:03
感谢老师的回复!
关于第一个问题,我翻看了之前的一些帖子:http://mdbbs.org/thread-36442-1-1.html ( ...

为什么要固定二氧化硅呢?力场参数合理的情况下一般不会有很大的变化的

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