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gmx里氢键的分析怎么感觉不对呢

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发布时间: 2020-6-7 22:49

正文摘要:

我算的是CNT中的水,由于尺寸的原因,水分子呈线性,有8个水分子,图片显示的是第一帧的情况,里面有9个氢未成键,7个成一个键的,正好是16个氢。但是,分析出来的nhbdist.xvg,却和观察的结果不一致,而且还存在一 ...

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wgg1181543722 发表于 Post on 2020-6-9 15:48:03
谢谢
sobereva 发表于 Post on 2020-6-8 15:50:51
你当前只显示了一帧,而你统计的是整个轨迹。先改成只统计这一帧看看什么情况

另注意默认情况下,如果一个氢键给体上的多个氢都与一个氢键受体之间形成了氢键,会被当成其中一个氢形成了多个氢键看待。用-nomerge可避免这种处理。

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