求助盒子大小和分子数目匹配问题

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发布时间: 2020-6-10 09:53

我模拟一个丁二醇分子和乙二醇分子填充的盒子，计划是6nm边长的正方体盒子，计算了常压下对应密度下的6nm盒子内应该具有的分子数量利用packmol填充进去，然后在进行能量最小化的时候就会报出这个错误，我反复更改过 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-6-13 01:01:47

sungl123456 发表于 2020-6-12 09:34
社长，想多问一下，如果产生相出现了这个情况还能只用一个MPI进程么，此时不用域分解会影响结果么

是否用域分解只影响计算效率，对结果原理上无影响

sungl123456 发表于 Post on 2020-6-12 09:34:25

sobereva 发表于 2020-6-10 11:43
加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程，此时不会使用域分解，也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小 ...

社长，想多问一下，如果产生相出现了这个情况还能只用一个MPI进程么，此时不用域分解会影响结果么

sungl123456 发表于 Post on 2020-6-11 08:34:45

sobereva 发表于 2020-6-10 11:43
加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程，此时不会使用域分解，也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小 ...

问题解决了，谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2020-6-10 11:43:33

加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程，此时不会使用域分解，也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小核数

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