961106 发表于 2020-6-12 15:24
对不起老师，我没说清楚。
我的gmx版本是2018.4 ，就是之前培训上您给编译好的版本。
我的体系是一个蛋 ...

装2019，GPU利用率可能更高

看后面那个，利用率不大，我记得论坛有一篇专门关于多显卡gmx测试，你看看吧

StormSpirts 发表于 2020-6-12 16:21
Pwr: Usage/Cap一栏达到194W/215W，应该很接近满载了。GPU Fan为37%说明你散热比较好，可能你到了满载的时 ...

温度49°C，这么凉快看着真不像满载。而且GPU-Util 也才36%

最好监控个半分钟看看统计平均啥的。

StormSpirts 发表于 2020-6-12 16:21
Pwr: Usage/Cap一栏达到194W/215W，应该很接近满载了。GPU Fan为37%说明你散热比较好，可能你到了满载的时 ...

老师，那请问怎么做可以提高速度呢？还是说这个效果已经是最好的呢，谢谢！

Pwr: Usage/Cap一栏达到194W/215W，应该很接近满载了。GPU Fan为37%说明你散热比较好，可能你到了满载的时候，它都未必能到100%

sobereva 发表于 2020-6-11 22:10
信息不充分，比如体系大小、mdp设置、gmx版本等等
尽量用较新的gmx，并且用较大体系说事

对不起老师，我没说清楚。
我的gmx版本是2018.4 ，就是之前培训上您给编译好的版本。
我的体系是一个蛋白质和20000个水分子，一共83679个原子。
mdp文件是：
integrator               = md
dt                       = 0.002
nsteps                   = 250000

nstxout                 = 500
nstvout                 = 500
nstfout                 = 500
nstenergy               = 500
nstlog                  = 500
energygrps              = system;Protein Non-Protein
nsttcouple              = 10

nstlist                  = 50
ns-type                  = Grid
pbc                      = xyz
rlist                    = 333.3
cutoff-scheme            = verlet
coulombtype              = Cut-off
rcoulomb                 = 333.3
vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 333.3

Tcoupl                   = nose-hoover
tc-grps                  = Protein  Non-Protein
tau_t                    = 0.5      0.5
ref_t                    = 370      370

DispCorr                 = EnerPres

Pcoupl                   = no

gen-vel                  = yes
gen-temp                 = 370


constraints              = all-bonds
continuation             = no
constraint_algorithm     = lincs
lincs_iter               = 1
lincs_order              = 4

信息不充分，比如体系大小、mdp设置、gmx版本等等
尽量用较新的gmx，并且用较大体系说事

37%应该是风扇的转速吧