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求助cda分析报错原子顺序不一致

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发布时间: 2020-6-12 08:43

正文摘要:

各位老师好,我在计算cda的时候,从整个分子的单点输入文件中取出的片段坐标,没有更改原子顺序和坐标,但是将fchk文件拖入multiwfn的时候无法计算,检查了输入文件发现坐标也没有变 输入文件已上传附件,# scrf=(s ...

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namanana 发表于 Post on 2020-6-17 17:41:44
sobereva 发表于 2020-6-12 23:23
屏幕上的提示已经说得很明确了

在此文里我也都用红字特别强调了

嗯嗯,是我开始没有理解
namanana 发表于 Post on 2020-6-17 17:40:13
hebrewsnabla 发表于 2020-6-12 22:05
原子顺序并不一致。仔细看手册里面的描述。

谢谢您,按照这个方法对坐标重新排序问题解决了
sobereva 发表于 Post on 2020-6-12 23:23:54
屏幕上的提示已经说得很明确了

在此文里我也都用红字特别强调了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
坐标必须都用笛卡尔坐标,而且片段的定义顺序必须和复合物中的完全一致。比如复合物文件中片段的出现顺序是A,B,C,那么就必须将A,B,C分别定义为片段1,2,3,而不能定义为诸如2,1,3。并且片段内原子顺序、原子坐标也要完全和复合物中的一致。

hebrewsnabla 发表于 Post on 2020-6-12 22:05:41
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-6-12 22:07 编辑

原子顺序并不一致。仔细看手册里面的描述。
The atomic sequence in fragments and complex must be identical, that means the atomic sequence in the complex can be retrieved by successively combining the atoms in fragment 1, 2, 3 ... n.


假如片段a的原子是A,B,C,D;片段b是E,F,G,H,那么总体系必须是A,B,C,D,E,F,G,H。你的文件不满足这个条件。

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namanana 发表于 Post on 2020-6-12 18:13:52
本帖最后由 namanana 于 2020-6-12 18:15 编辑
snljty 发表于 2020-6-12 09:25
先把NoSymmetry加上再说。即使是C1点群Gaussian也会进行平移旋转导致坐标不对应。

加上nosymmetry和nosymm,还是报相同的错误。有没有其他解决办法呢?
namanana 发表于 Post on 2020-6-12 11:39:51
snljty 发表于 2020-6-12 09:25
先把NoSymmetry加上再说。即使是C1点群Gaussian也会进行平移旋转导致坐标不对应。

谢谢您,我试一下
snljty 发表于 Post on 2020-6-12 09:25:58
先把NoSymmetry加上再说。即使是C1点群Gaussian也会进行平移旋转导致坐标不对应。

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