下载的charmm36力场中.rtp中原子类型，与分子结构式编号所得原子类型不一致

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wqs

发布时间: 2020-6-17 20:56

首先，老师对不起，标题描述可能不太准确，想问的问题有点复杂，不知道怎么描述才准确。老师我在Mackerell Lab Homepage中下载了charmm30-jul2017.ff，其中mergerd.rtp有DPPC相关信息，但是和dppc.pdb（Peter Tiel ...

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wqs 发表于 Post on 2020-6-18 13:38:06

sobereva 发表于 2020-6-18 12:42
你用Tieleman的磷脂的pdb文件跑MD就用Tieleman的磷脂的itp就完了
如果你非要用CHARMM力场，靠CHARMM-GUI建 ...

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-6-18 12:42:39

你用Tieleman的磷脂的pdb文件跑MD就用Tieleman的磷脂的itp就完了
如果你非要用CHARMM力场，靠CHARMM-GUI建相应的磷脂模型

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