华理小妮 发表于 2020-12-6 13:38 准确来说是结合态的平衡浓度明显低于非结合态。不是说结合完全不可能。 |
喵星大佬 发表于 2020-6-18 15:14 你好，我想问一下，您说的酸碱反应的过渡态，这个还会形成酸碱复合物吗最后，我就是将这两种分子放置到pH=6的水溶液中，使它们主要以离子态的形式存在，想要看一下它们是否能够自发的结合到一起，采用Gaussian计算结合自由能为正值，gromacs跑分子动力学也是没办法结合到一起，两种分子都是游离的状态存在。这能不能说明这俩种分子没办法自发的结合到一起呢。 |
华理小妮 发表于 2020-6-22 10:19 看结合能具体指的什么结合能 如果是气相下的结合自由能是这么算 |
sobereva 发表于 2020-6-18 11:56 sober老师，真空下的结合能就是用AB复合物在气相下的自由能减去A分子在气相下的自由能和B分子在气相下的自由能吗 |
华理小妮 发表于 2020-6-18 15:12 没有"pi-pi键"的称呼，那叫pi-pi堆积、pi-pi作用。这种作用对于当前帖子里的单环情况而言是极弱的。 自由能算出来为正和这么弱的pi-pi作用是否考虑完全没直接关系。为正的原因我在http://bbs.keinsci.com/thread-18031-1-1.html里通过水二聚体的例子解释了。 |
cottondog 发表于 2020-6-18 16:46 谢谢您的回复 |
| 如果这是你的单体和模板的话，肯定要考虑pai-pai的，不会是你之前说的只有这一个氢键结合，那你体系建立就有问题了 |
喵星大佬 发表于 2020-6-18 15:14 这两个分子在水中还可以依靠ΠΠ键结合，以ΠΠ键结合的话算出来还会说正值吗，实验结果显示这两个分子在水中是会相互靠近结合的。 |
华理小妮 发表于 2020-6-18 15:10 已经很明显了，你的所谓复合物，是这个酸碱反应的过渡态，做频率分析的话应该有一个虚频，过渡态是这个反应途径中能量最高的点，换句话说你算出来是正值并且很小才是正确的(酸碱反应的能垒的确很小) |
| 参与人数Participants 1 | eV +2 | 收起 理由Reason |
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sobereva 发表于 2020-6-18 11:56 sober老师，这两个分子在水中还可以依靠ΠΠ键结合，这个ΠΠ键受极性溶剂的影响大吗， |
喵星大佬 发表于 2020-6-18 14:45 我把两个分子优化之后的结构放出来了，优化的时候用的关键词是#P B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=water)。 |
辣椒丛中水果糖 发表于 2020-6-18 14:23 并不需要氢键，其实只是静电作用(虽然说较强的氢键也是静电作用主导，但是作为有方向的性的相互作用和这里说的还不一样)。有偶极的溶剂分子在溶剂中离子的静电场作用下排列方式改变而已，从无规则变成偶极顺着电场指向，随距离衰减。大概就是这样的意思。 |
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华理小妮 发表于 2020-6-18 14:22 你最好把复合物的结构也放出来，查看是否合理 从iBonD可以查到的数据，在水中这个酸类似物(苯环上没有两个Cl)的pKa大约3，质子化的吡啶乙烯pKa5.6，可以说成盐的趋势是很弱的，即使是复合物，共价的性质应该明显更强(如果说是H转移的复合物，其实应该是过渡态)，其他形式的复合物并不知道具体构型是否合理。 当然其实并不知道你要算的到底是什么样的量。 |
sobereva 发表于 2020-6-18 11:56 小妮的这两个分子还能产生色散主导的pi-pi键，这个受极性溶剂（水）的影响如何？请教 |
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