sobereva 发表于 2015-9-28 21:00
是的

谢谢sob老师，也谢谢kunkun。

978142355 发表于 2015-9-28 19:09
是gromacs吗？没用过那个，见笑了。

是的

kunkun 发表于 2015-9-28 14:57
gro文件最下面有写的

是gromacs吗？没用过那个，见笑了。

978142355 发表于 2015-9-28 12:06
哦，我自己感觉已经很大了，原来还是小啊。谢谢，我觉得还是保险点弄吧。另外，问一下，有没有什么方法可 ...

gro文件最下面有写的

kunkun 发表于 2015-9-27 11:17
你这个体系好小。。如果实在算不动，可以试试菱形十二面体，比方形能减少30%的水，实测还行。但还是立方最 ...

哦，我自己感觉已经很大了，原来还是小啊。谢谢，我觉得还是保险点弄吧。另外，问一下，有没有什么方法可以量盒长？

你这个体系好小。。如果实在算不动，可以试试菱形十二面体，比方形能减少30%的水，实测还行。但还是立方最保险。

sobereva 发表于 2015-9-25 02:44
首先注意，让长方盒子恰好能容纳蛋白质容易出问题。因为模拟过程中蛋白质很容易旋转，如果你的图中体系在模 ...

哦，这么回事啊，谢谢sob老师的专业的回答。

首先注意，让长方盒子恰好能容纳蛋白质容易出问题。因为模拟过程中蛋白质很容易旋转，如果你的图中体系在模拟过程中蛋白旋转成了竖着状态，那么蛋白质两头就相互作用上了。所以还是立方的保险。

若让盒子非要能恰好容纳蛋白质，简单估算一下就行了。也可以反复试几次。不管什么尺寸，周期边界条件的使用并无差异。

cutoff的要求是不能超过盒子最短边长的一半。但一般蛋白质模拟用的盒子都比较大，肯定能满足这个条件，cutoff就根据经验来取就行了。对于LJ作用，一般用10~12埃就够了，对于静电作用，如果用PME来计算，cutoff取多大原则上不影响结果，只影响计算效率，一般取10~14埃。