|
本帖最后由 cavalier 于 2020-6-22 13:31 编辑 非常感谢！！！ 我按照网上的安装教程，下载了plumed-2.6.0，进行到make check 步骤时，最终得到如下反馈，感觉很懵，这是什么情况，我不晓得哪里出问题了,我就是blas 和lapack没装，其他应该和教程都一样 我使用的教程：https://www.jianshu.com/p/895c4d41b116 ******************************************************* + Final report: + 492 tests performed, 0 tests not applicable + 492 errors found + Find the bug! + To replace references, go to the test directory and + type 'make reset' make[1]: *** [checkfail] 错误 1 make[1]: 离开目录“/mnt/D/cavalier/plumed-2.6.0/regtest” make: *** [check] 错误 2 ************************************************************* 但是安装plumed又显示安装了 ************************************************************** *** PLUMED has been installed *** Install prefix : /usr/local Full name : plumed Setup your environment - Ensure this is in your execution path : /usr/local/bin - Ensure this is in your include path : /usr/local/include - Ensure this is in your library path : /usr/local/lib - Ensure this is in your PKG_CONFIG_PATH path : /usr/local/lib/pkgconfig For runtime binding: - Set this environment variable : PLUMED_KERNEL=/usr/local/lib/libplumedKernel.so To create a tcl module that sets all the variables above, use this one as a starting point: /usr/local/lib/plumed/modulefile To uninstall, remove the following files and directories: /usr/local/lib/plumed /usr/local/share/doc/plumed /usr/local/include/plumed /usr/local/bin/plumed /usr/local/bin/plumed-patch /usr/local/bin/plumed-config /usr/local/lib/pkgconfig/plumed.pc /usr/local/lib/libplumed.so /usr/local/lib/libplumedKernel.so A vim plugin can be found here: /usr/local/lib/plumed/vim/ Copy it to /root/.vim/ directory Alternatively: - Set this environment variable : PLUMED_VIMPATH=/usr/local/lib/plumed/vim - Add the command 'let &runtimepath.=','.$PLUMED_VIMPATH' to your .vimrc file From vim, you can use :set syntax=plumed to enable it **************************************************************************** 因为我最后给gromacs打了补丁plumed-patch -p 但是安装出来的gromacs， mdrun 里仍然没有-plumed 所以我想我应是装失败了吧 求教！！！ 附上我最近一次打补丁的结果如下：是我环境变量没写对吗还是安装plumed的时候失败导致的Linking Plumed.h, Plumed.inc, and Plumed.cmake (shared mode) Patching with on-the-fly diff from stored originals /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 /usr/local/lib/plumed/patches/patch.sh:行295: patch: 未找到命令 PLUMED is compiled with MPI support so you can configure gromacs-2019.4 with MPI |
cavalier 发表于 2020-6-21 16:51 都能…… |
fhh2626 发表于 2020-6-19 13:54 老师，我想请问下gromacs附带plumed安装时，是不是一定要装成mpirun版本的，然后是不是不能cuda的GPU加速？因为我看到别人教程里cmake的选项是这样的。 但是我自己的理解的话应该是不影响吧，都可以？ 谢谢老师 |
k64_cc 发表于 2020-6-20 18:12 感谢，我决定尝试用plumed解决，况且多学点方法也有必要 |
本帖最后由 k64_cc 于 2020-6-20 18:13 编辑 cavalier 发表于 2020-6-19 22:59 你的问题其实是一维氮气复合物的CV不好设计，因为你并不能控制它们从管子里扩散出去。我觉得你可以考虑把氮气质心的z坐标设为CV，并在管子一头加一个wall，防止它们从一端逸散。只要管子够长，应该不是很artificial。 你从gmx的pull迁移到Plumed就啥技术问题都没有了，特别好用，真的…… |
本帖最后由 cavalier 于 2020-6-19 23:03 编辑 fhh2626 发表于 2020-6-19 13:54 感谢老师！！！ 确实，根据我目前的尝试感觉也许gmx的伞形采样可能是不太能很好地解决这个问题，那么我这就去了解一下Colvars和Plumed。 另外，我注意到gromacs的pull的代码里有pull-coord1-geometry=cylinder，请问这是不是前面所说的圆柱形约束。然后具体这个要如何使用呢？再次感谢老师！！！ |
cavalier 发表于 2020-6-19 11:42 如果是进出管子的话，要施加合理的圆柱形约束 虽然有的软件也自带了一些增强采样功能，但是很弱，正经用的话还是要结合专业的自由能计算模块，比如Colvars或者Plumed。Colvars直接集成到了NAMD和Lammps的源代码当中，Plumed要自己编译安装（或者用conda安装），官网提供了Plumed针对Gromacs的Patch |
fhh2626 发表于 2020-6-18 22:48 感谢老师！！！ 是的，我想说的是“描述氮气通过碳纳米管的PMF”。恩，小幅振动的水平线完全符合我的预期，不过我主要想关心的是氮气进出管子的势垒。对了我个人觉得很有意思的一个问题是，单个氮气体系，它进入管子的势垒和已经形成如图1的完整水合物时氮气进入的势垒，有怎么样的差异呢，我觉得这个也很想通过两种PMF曲线对照一下来探究。 对了，关于反应坐标，老师您说的“（如果你选择氮气和碳纳米管的质心距在Z轴上的投影为反应坐标，并且约束氮气的XY距离，保证氮气在碳纳米管内的话）”正是我想要的，但是我不是很确定我的mdp设置是否是这个效果，或者是如何设置实现这个效果。注：我人工写的（1.5，1.5, 10）这个参考坐标和管子质心是同一个。 “plumed里面提供的增强采样方法，并施加合理的约束”，最后这个我去研究一下，之前确实更加不了解这个。 再次感谢老师！！！ |
|
首先，PMF是描述一个过程的，不能说什么“氮气的PMF”、“一维气体水合物的PMF”，这种说法没有任何意义。你大概想说的是“描述氮气通过碳纳米管的PMF” 其次，你这个PMF没有任何意义，因为你这个体系是高度对称的，不管反应坐标（如果你选择氮气和碳纳米管的质心距在Z轴上的投影为反应坐标，并且约束氮气的XY距离，保证氮气在碳纳米管内的话）为几，自由能都几乎不变，最后你的结果必定是一个只有小幅振动的水平线 最后，如果你一定要算的话，建议用plumed里面提供的增强采样方法，并施加合理的约束 |
| 参与人数Participants 1 | eV +2 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 2 | 我很赞同 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-22 00:25 , Processed in 0.235832 second(s), 26 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites